本发明公开了一种混菌发酵烟草的方法，包括以下步骤：将毕赤氏酵母FBKL2.0008和东方伊萨酵母FBKL2.0002菌种接种于斜面培养基上，在28℃下培养24h‑48h，待菌长满试管；将斜面培养的菌种分别在麦芽汁琼脂培养基上划线活化，在28℃下培养24h‑48h；种子液制备：将培养得到的毕赤氏酵母的酵母种子液和东方伊萨酵母种子液混合得到混合菌液，毕赤氏酵母种子液占混合菌液的60%‑80%；向烟草中按0.4ml/g加入混合菌液，每隔3d补加无菌水0.2ml/g烟草，置于28℃‑30℃环境培养15‑20d。低温40‑60℃干燥15‑30min，即得。本发明具有玫瑰花香、粉香、蜂蜜样香气且兼具酒香，工艺简单，且不易污染，产品用途广。