本发明公开了一种保鲜微胶囊、其制备方法及应用，属于农作物保鲜剂技术领域。本发明的保鲜微胶囊，包括囊壁和囊芯；所述囊芯由复合植物精油80～100份、增效剂2～5份、溶剂15～25份和稳定剂6～8份制备而成；所述的复合植物精油由肉桂精油、丁香精油、茶树精油按10～30∶10～30∶10～30重量比组成。本发明的肉桂精油、丁香精油、茶树精油按照1∶1∶1的重量比混合成的复合精油对于抑制黄曲霉菌的生长具有协同作用；将上述复合精油制备成保鲜微胶囊可用于花生储存过程中降低氧化速率和防止霉菌污染；该保鲜微胶囊能够显著降低花生储存中黄曲霉毒素的含量。