一种提高裂殖壶菌中EPA含量的调控方法与应用，涉及海洋微生物。将菌株Schizochytrium sp.MYA1381经过平板和二级种子活化，制备种子液，再接种于发酵培养基，在裂殖壶菌生长的不同阶段加入氟啶酮。所述氟啶酮可在提高裂殖壶菌EPA含量中应用。首次将氟啶酮应用到脂肪酸合成途径的调控中，为提高裂殖壶菌中EPA含量提供了新的思路。通过添加氟啶酮，显著提高了裂殖壶菌油脂中EPA的含量，相比于未添加提高了42.31％。为使用氟啶酮提高裂殖壶菌内EPA含量提供了基础。