本发明公开了一种细胞内环境下蛋白质相互作用组学的分析方法，将静电纺丝技术与生物质谱技术相结合，首先利用静电纺丝技术为MALDI质谱分析制备大量所需样品，然后使用蛋白质组学数据库对所得数据进行检索分析，明确各样品颗粒内蛋白质的组成成分，最后利用蛋白质组学数据统计分析软件对各样品颗粒内蛋白质的组成成分进行统计，明确细胞内不同种蛋白质相互作用的几率，最终为构建细胞内各生物分子间的三维相互作用图提供云数据支持。本发明方法操作简便，可实现高通量检测分析，不需要使研究物种被基因修饰，克服了一般质谱方法灵敏度低和需要基质分子促使分析对象发生离子化的缺陷。