本发明提供一种甲硫基乙醛肟的清洁生产方法及系统，该方法至少包括以下步骤：1）将乙醛肟和含有氯离子的溶液加入电解槽的阳极室，将电解质溶液加入阴极室，通电电解，阳极室得到含有氯代乙醛肟的溶液；2）将含有氯代乙醛肟的溶液与甲硫醇盐混合反应，得到含有甲硫基乙醛肟的溶液，分离提纯，制得所述甲硫基乙醛肟成品。本发明不使用剧毒的氯，有效避免了含盐废水的产生，解决了现有甲硫基乙醛肟生产过程中废盐带来的环保问题，有效减少原料的消耗，产生的氢气还可作为清洁燃料等，有效提高原料的利用率。