一种多酶水解南瓜小米发酵饮品的制备方法，其步骤如下：将南瓜片微波解冻，加热，与水进行打浆；将小米浸泡，然后将小米与水磨浆；向打好浆的南瓜液中加入果胶酶和糖化酶，进行水浴加热酶解，然后升温加入复合纤维素酶酶解；将小米液冷却，加入α‑淀粉酶酶解，降温加入中性蛋白酶酶解；过滤，混合，灭酶，将过滤好的南瓜液和小米液混合，加水，将混合后的原料液水浴灭酶；调配，杀菌，乳酸菌发酵，加入稳定剂，灌装，灭菌，冷却后即得成品。本发明不仅具有普通饮料的清凉和生津止渴的作用，还较好地保存了其营养素，可调节人体生理功能，保持南瓜的色泽与香味，获得低分子量产物，风味独特、口感纯正，含有诸多营养因子，以及其特殊的保健功能。