一种埋入式字线及其隔离结构的制造方法，包括先在基板内形成多个埋入式字线，且埋入式字线的顶部低于基板表面。之后，在埋入式字线上的沟槽内分别形成掩模结构层，并通过移除部分结构，使掩模结构层凸出，以便于掩模结构层的侧壁形成间隔件，进而形成多个自行对准的沟槽。然后，以间隔件与掩模结构层为蚀刻掩模，蚀刻去除沟槽底下的基板，以形成多个隔离结构沟槽，再在隔离结构沟槽内形成隔离结构。本发明的制造方法能有效降低字线之间的干扰(Row Hammer)，并保持有源区内的接触区域的面积。