本发明提供了一种确定生态过滤带设置的方法和系统，该方法包括：测定不同植被对营养物质的去除率；根据不同植被对营养物质的去除率，选择出去除率最高的植被作为最佳植被；分别建立最佳植被在待设置的过滤带区的防护密度、防护坡度以及防护宽度与所述待设置的过滤带区的水体中各种营养物质浓度的多元线性回归模型；根据所述最佳植被在待设置的过滤带区的防护密度、防护坡度以及防护宽度与所述待设置的过滤带区的水体中各种营养物质浓度的多元线性回归模型，确定出最优的生态过滤带设置范围；利用所述最佳植被在所述最优的生态过滤带设置范围内进行过滤带设置。本发明能够实现水质净化，有效地提高生态效益。