本发明公开了二极管自动分离搬运系统及其分离搬运方法，其中二极管自动分离搬运系统，包括支撑板以及安装在支撑板上的直角坐标机器人、搬运机构和分离机构；分离机构包括支架、模条固定板、模条组和顶起装置；顶起装置包括第一推齿板、第二推齿板、第一顶起气缸和第二顶起气缸；第一推齿板上的推齿与第二推齿板上的推齿交错设置；第一顶起气缸的活塞杆和第二顶起气缸的活塞杆均贯穿支撑板、并分别与第一推齿板和第二推齿板固定连接；搬运机构搬运被顶起装置顶起的二极管、以及模条固定板和模条组。本发明能够实现二极管加工过程中“分离”工序的自动化操作，系统结构简单、运行稳定、分离速度快、定位精度高。