一种自对准垂直式梳状传感器及其制作方法，是将一具有阻挡层、第一元件层及第一屏蔽层的第一晶圆与一具有第二元件层、第二屏蔽层的第二晶圆接合，其中阻挡层介于第一元件层与第二元件层之间，且在两晶圆接合前，先图案化阻挡层以形成联集图案用以定义预定在第一元件层形成的第一齿状部及预定在第二元件层形成的第二齿状部的结构。借由阻挡层作为蚀刻第一元件层及蚀刻第二元件层时的蚀刻屏蔽，使第一齿状部构成的梳状结构与第二齿状部构成的梳状结构上下自对准，且呈上下两排错位排列。