本发明涉及一个来自“百令”生产菌冬虫夏草中国被毛孢参与棕桐酸出发合成代谢十六烷基-辅酶A的长链-酰基-辅酶A合成酶，编码这个酶的基因及其应用。所述长链-酰基-辅酶A合成酶氨基酸序列与SEQ ID No.1或SEQ ID No.3所示序列具有90%以上同源性。本发明从原理上对棕桐酸合成十六烷基-辅酶A的代谢途径进行了详细研究，包含本发明所提供的核苷酸序列的克隆DNA可以用来通过转导、转化、结合转移的方法转入工程菌中，通过调节十六烷基-辅酶A生物合成基因的表达，赋予宿主长链-酰基-辅酶A合成酶的高表达性，为扩大十六烷基-辅酶A的产量提供了有效途径，具有重大应用前景。