本发明公开了一种基于工程控制措施的水下隧道最小埋深确定方法，该方法考虑水下隧道施工过程中工程控制措施对隧道埋深的影响，首先根据水下隧道工程两端的接线条件初步确定隧道的最小埋深，而后分析该埋深条件下采用常规支护参数和施工参数时隧道施工过程中的安全性，当常规支护参数不满足施工安全的前提下，进一步分析不同加固措施和加固参数条件下隧道的施工风险，确定不同工程控制措施条件下保证隧道施工安全的最小埋深，最后在对不同工程控制措施条件下的加固费用和隧道埋深减小导致隧道长度缩短所减少的费用进行综合比较的基础上，确定隧道的最合理埋深。