本发明涉及一种低成本组合导航系统的数据融合方法和装置。该方法主要包括：根据组合导航系统中的微惯性测量单元的输出数据进行捷联惯导解算得到载体的航向ψI、根据组合导航系统中的磁阻传感器的输出数据解算得到载体的航向ψm、根据组合导航系统中的卫星接收机的输出数据解算得到载体的航向ψG；根据设置的载体航向最优化估计性能指标，将所述ψI、ψm和ψG按照一定的权重进行叠加，得到所述载体航向的最优估计值。本发明实施例在估计方差最小的最优性能指标约束下，能根据载体的动态特性自动调节估计系数，给出载体运动过程中的最优航向估计，具有较强的自适应能力、鲁棒性好，方便工程实际应用。