本发明公开了一种抗寒的草铵膦抗性基因及应用，将深海混合菌液按1%的接种量转接到含有草铵膦的HLB的蛋白胨，酵母培养物和氯化钠液体培养基上培养。再将生长好的菌液在含有草铵膦的HLB固体培养基上划线培养。划线分离得到单菌落以后，再按照上述方法复筛一次，得到的抗性细菌。抽提该原始单菌落的基因组DNA，并以其为PCR模板，选用16S扩增通用引物1492R（5-GGTTACCTTGTTACGACTT-3）和27F（5-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3）以细菌染色体DNA为模板进行PCR扩增，鉴定结果为Rhodococcusequi，原始细菌的16S序列为SEQIDNO:1所示的核苷酸序列，一种分离的草铵膦抗性的编码基因，其序列为SEQIDNO：2所示的核苷酸序列。经过生物学实验验证，证明该酶具有高活性，耐低温，可广泛用于不同抗除草剂转基因作物。