本发明涉及一种操作粒子束显微镜的方法，其中所述方法包括：探测从结构发出的光线和/或从结构发出的粒子的至少之一，其中所述结构包括至少下述之一：物体的表面的至少一部分和粒子束显微镜的载物台的表面的至少一部分；根据探测到的光线和粒子的至少之一生成所述结构的表面模型；相对于目标区域确定所述结构的表面模型的位置和定向；相对于所述结构的表面模型确定测量部位；以及，根据生成的所述结构的表面模型、确定的所述结构的表面模型的位置和定向以及确定的测量部位定位物体。