本发明涉及一种基于部分耗尽型SOI工艺的抗辐射MOS器件结构，其包括SOI基板，SOI基板包括硅膜；硅膜的上部刻蚀有沟槽，沟槽内的侧壁及底部生长有第一隔离层，第一隔离层对应于位于沟槽槽底的中心区刻蚀形成生长窗口，沟槽内通过生长窗口生长有单晶硅，单晶硅覆盖生长于对应的第一隔离层上；单晶硅的中心区设置栅极区，单晶硅内对应于栅极区的两侧分别形成源区及漏区。本发明通过第一隔离层，消除了由于埋氧化层受总剂量效应的影响而引起的背栅阈值电压漂移和背栅开启效应对前栅的影响；同时，也减小了MOS器件的源区及漏区的结深，从而减小了单粒子效应对MOS器件的影响，进一步提高了器件抗辐射的能力，结构紧凑，提高抗辐射能力，安全可靠。