本发明的燃料电池系统(100)的特征在于，具有：燃料电池(1)，其通过使供给至氧化剂极(34)的氧化剂气体与供给至燃料极(67)的燃料气体进行电化学反应来产生电力；燃料气体供给装置HS，其对上述燃料极(67)供给上述燃料气体；以及控制装置(40)，其控制上述燃料气体供给装置HS对上述燃料极(67)供给上述燃料气体，并且在上述燃料极(67)侧的出口被封闭时进行压力变动，该控制装置(40)基于以第一压力幅度ΔP1进行上述压力变动的第一压力变动模式，使上述燃料极(67)处的上述燃料气体的压力周期性地发生变动。