本发明涉及一种滤井循环净化系统及使用该系统净化河水的方法。该系统由滤床、滤水管、集水管、滤井、潜水泵和连接管道组成；滤床周围为浆砌石墙，石墙内部由上至下依次设置防冲层、滤料层和承托层；集水管水平设置于承托层中部，其一端穿过靠近河岸一侧的石墙并与滤井连接；集水管两侧具有复数个开口，每个开口连接一个滤水管；该滤水管也水平设置于承托层中部；每个滤水管上具有复数个开孔；滤井设置于河道外侧，其底面低于河床；滤井底部设置潜水泵，潜水泵的出水口通过管道连接上游河道。河水经过滤料层过滤后通过滤水管和集水管收集到河道外侧的滤井内，使用潜水泵将水抽出，通过管道输送到滤井上游，实现河道水体的过滤净化和循环。