本发明公开了一种防止浮体及自加热效应的MOS器件结构的制造方法。该MOS器件结构，包括Si衬底和位于Si衬底之上的有源区，所述有源区包括沟道以及分别位于沟道两端的源区和漏区，在沟道之上设有栅区，在源区与Si衬底之间，以及漏区与Si衬底之间分别设有绝缘埋层，在沟道与Si衬底之间设有SiGe隔层。该MOS器件结构的沟道可以通过SiGe隔层向Si衬底导电导热，防止了器件的浮体效应及自加热效应；在源区及漏区与Si衬底之间保留绝缘埋层，可减小源漏区的寄生电容。该器件结构采用Si\SiGe\Si外延层通过刻蚀、掺杂、选择性刻蚀、填充绝缘介质等工艺制备，其步骤简单，易于实施，具有重要的应用价值。