公开(公告)号：CN117751197A

公开(公告)日：2024-03-22

申请号：CN202280048546.7

申请日：2022-06-01

申请人： 10X基因组学有限公司 ,  李浩晢 ,  奥尔加·苏洛娃

发明人： 李浩晢 ,  奥尔加·苏洛娃 ,  豪尔赫·伊万·埃尔南德斯·纽塔 ,  马茨·尼尔森·伯尼茨

IPC分类号： C12Q1/6853

摘要： 本公开在一些方面涉及直接RNA(dRNA)检测方法，所述dRNA检测方法包括使用具有不对称臂的可环化探针(例如，挂锁探针)、连接的可环化探针的滚环扩增和原位检测(例如，使用基于杂交的原位测序)对生物样品中的核酸序列(例如，诸如SNP和点突变的短序列)进行多重空间分析。在一些方面，本文公开的方法和组合物提高了检测特异性，减少了假阳性信号检测，和/或保持或提高了检测效率。

公开(公告)号：CN118451197A

公开(公告)日：2024-08-06

申请号：CN202280084508.7

申请日：2022-12-23

申请人： 10X基因组学有限公司

发明人： J·科斯塔 ,  豪尔赫·伊万·埃尔南德斯·纽塔

IPC分类号： C12Q1/6841 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6853

摘要： 本公开在一些方面涉及用于通过滚环扩增(RCA)来检测和定量生物样品中存在的多种分析物的方法和组合物。在一些方面，本文提供的方法和组合物解决了与控制样品中RCA产物(RCP)的信号斑点大小和强度相关联的问题。在一些方面，本文提供了用于减缓RCA和/或减小RCA产物大小的方法和组合物(例如，探针和/或反应混合物)。在一些实施方案中，具有疏水基团(例如，碱基上的疏水性修饰)的核苷酸或核苷酸类似物被包含在用于RCA的核苷酸中并被掺入到所述RCP产物中，导致RCP大小减小，而无需使掺入的疏水核苷酸或核苷酸类似物与所述RCP自身或另一分子交联。

公开(公告)号：CN118043476A

公开(公告)日：2024-05-14

申请号：CN202280065499.7

申请日：2022-08-02

申请人： 10X基因组学有限公司

发明人： J·科斯塔 ,  豪尔赫·伊万·埃尔南德斯·纽塔 ,  帕特里克·J·马克斯

IPC分类号： C12Q1/682

摘要： 本公开在一些方面涉及用于准确检测和定量生物样品中存在的多种分析物的方法和组合物。在一些方面，本文提供的所述方法和组合物解决了一个或多个与所述生物样品中核酸结构如RCP的稳定性和/或大小相关的问题，而无需使用外源添加的寡核苷酸压缩探针。在一些实施方案中，本文提供了涉及使用自杂交性杂交区来压缩和/或稳定核酸多联体(例如，RCP)的方法。在一些实施方案中，RCP的串联单元之间的动态链间退火用于压缩和/或稳定。在一些实施方案中，RCP中的短回文区用于压缩和/或稳定。

公开(公告)号：CN117730161A

公开(公告)日：2024-03-19

申请号：CN202280042967.9

申请日：2022-07-29

申请人： 10X基因组学有限公司

发明人： 豪尔赫·伊万·埃尔南德斯·纽塔 ,  M·库恩蒙德 ,  帕特里克·J·马克斯

IPC分类号： C12Q1/6853 ,  C12Q1/6841

摘要： 本公开在一些方面涉及用于准确地检测和定量存在于生物样品中的多种分析物的方法和组合物。在一些方面，本文提供的方法和组合物解决了与分析物丰度(例如，基因表达水平)的不均匀性和样品的不同位置处反应之间的差异(例如，扩增反应在一个位置处比另一位置更早开始)相关联的问题。在一些方面，与导致信号斑点宽且不均匀的大小和强度分布的方法相比，本文公开的方法提供了样品中信号斑点大小和强度的更紧密分布。