公开(公告)号：CN101401101A

公开(公告)日：2009-04-01

申请号：CN200780008687.1

申请日：2007-03-07

Applicant: 皇家飞利浦电子股份有限公司

Inventor： N·迪米特罗娃 ,  Y·H·张

IPC: G06F19/00

Abstract: 从2001年开始已知从DNA序列提取谱图。通过应用傅里叶变换将由字母A、T、C、G组成的用符号表示的DNA序列变换为突出显示DNA模式共发生周期性的可视表现而生成DNA谱图。对于给定DNA序列或完整基因组，使用这种方法可以容易地生成大量谱图图像。但是，困难的部分在于阐明重复模式在哪里，以及将它们与生物学和临床意义联系在一起。本发明提供了促进定位和/或辨识重复DNA模式的系统和方法，所述重复DNA模式例如CpG岛、Alu重复、串联重复和各种类型的卫星重复。这些重复元件可以在染色体中、在基因组中、或跨各种物种基因组发现。本发明的系统和方法应用图像处理算符以在DNA谱图的垂直和水平方向上发现显著特征。本发明还公开了使用监督机器学习方法对产生的谱图像进行迅速、全面分析的系统和方法。本发明的用于检测和/或对重复DNA模式分类的系统和方法包括：(a)比较直方图方法，(b)使用支持向量机和遗传算法的特征选择和分类，和(c)从多幅谱图像生成谱视频。

公开(公告)号：CN101401101B

公开(公告)日：2014-06-04

申请号：CN200780008687.1

申请日：2007-03-07

Applicant: 皇家飞利浦电子股份有限公司

Inventor： N·迪米特罗娃 ,  Y·H·张

IPC: G06F19/22 ,  G06F19/26

Abstract: 从2001年开始已知从DNA序列提取谱图。通过应用傅里叶变换将由字母A、T、C、G组成的用符号表示的DNA序列变换为突出显示DNA模式共发生周期性的可视表现而生成DNA谱图。对于给定DNA序列或完整基因组，使用这种方法可以容易地生成大量谱图图像。但是，困难的部分在于阐明重复模式在哪里，以及将它们与生物学和临床意义联系在一起。本发明提供了促进定位和/或辨识重复DNA模式的系统和方法，所述重复DNA模式例如CpG岛、Alu重复、串联重复和各种类型的卫星重复。这些重复元件可以在染色体中、在基因组中、或跨各种物种基因组发现。本发明的系统和方法应用图像处理算符以在DNA谱图的垂直和水平方向上发现显著特征。本发明还公开了使用监督机器学习方法对产生的谱图像进行迅速、全面分析的系统和方法。本发明的用于检测和/或对重复DNA模式分类的系统和方法包括：(a)比较直方图方法，(b)使用支持向量机和遗传算法的特征选择和分类，和(c)从多幅谱图像生成谱视频。