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公开(公告)号：CN116259364A
公开(公告)日：2023-06-13
申请号：CN202211634066.7
申请日：2022-12-19
Applicant: 湖南大学
Abstract: 本发明涉及生物信息学中的数据挖掘领域，具体涉及一种基于时间序列单细胞转录组数据的细胞轨迹推断方法。本发明的方法主要包括收集和模拟带有时间序列的单细胞转录组数据；批次效应校正；对基因进行过滤和筛选；进行数据降维；在同一时间点内的细胞建立KNN图，利用基于社区检测的图抽象方法生成类图映射；相邻时间点使用基于分布参数的区间估计来测量细胞状态之间的转移概率。本发明可有效利用具有物理时间信息的数据进行细胞轨迹推断，并利用图拓扑结构以表示简单或复杂轨迹，以重建或捕获有机体内的谱系关系。本发明的方法可行且有效，对于研究细胞内部的差异性以及构建任意类型的拓扑结构图具有重要意义。
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