公开(公告)号：CN118389658A

公开(公告)日：2024-07-26

申请号：CN202410636307.4

申请日：2024-05-22

Applicant: 湖南大学

Inventor： 王奕蓉 ,  周俊 ,  舒淙瑶 ,  刘冰雪 ,  扈嘉正

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6806 ,  C40B50/06

Abstract: 本发明属于高通量测序技术领域，具体涉及一种同时对tRNA及其裂解产生的tsRNA进行定量的高通量测序方法。本发明公开了一种同时对tRNA及其裂解产生的tsRNA进行定量的高通量测序方法，所述高通量测序方法包含以下步骤：(1)总RNA提取、氧化与β消除；(2)分离tRNA和tsRNAs；(3)对tRNA和tsRNAs去甲基化；(4)对tRNA和tsRNAs去3’磷酸；(5)对tRNA和tsRNAs连接3’接头序列；(6)对tRNA和tsRNAs连接5’接头序列后混合；(6)反转录成cDNA；(7)PCR扩增；(8)测序。本发明的方法能同时针对tRNA及其裂解产生的tsRNAs进行测序和准确的定量。

公开(公告)号：CN118147279A

公开(公告)日：2024-06-07

申请号：CN202410451476.0

申请日：2024-04-15

Applicant: 湖南大学

Inventor： 王奕蓉 ,  于峰 ,  刘冰雪 ,  舒淙瑶

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C40B50/06 ,  C40B40/06 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明提供了一种构建全长tRNA测序文库的接头、试剂盒及全长tRNA测序文库的构建方法，涉及高通量测序技术领域。本发明所述3’接头序列满足下述至少一项条件：(1)在3’接头的5’端添加2～3个随机碱基；(2)在3’接头序列中引入5～8个碱基的条形码序列。本发明的3’接头进行tRNA连接，利用接头所带条形码对样本进行区分，可以实现混样测序，降低成本；同时通过在接头5’端添加随机碱基，降低接头连接过程的偏好性，建库效果和成本效益均有很大提升。另外，本发明在进行3’接头连接前先对tRNA分子进行去磷酸化，使3’末端变为3’OH，可以和接头的5’PHO进行连接，提高连接效率和检测覆盖度。

公开(公告)号：CN119876146A

公开(公告)日：2025-04-25

申请号：CN202510087814.1

申请日：2025-01-20

Applicant: 湖南大学

Inventor： 王奕蓉 ,  舒淙瑶 ,  蔡子欣

IPC: C12N15/113 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明属于高通量测序技术领域，具体涉及一种富集全长tRNA的双链接头及其在tRNA测序中的应用。双链接头包含3’接头和5’接头，其中3’接头和5’接头碱基互补配对；所述3’接头的核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑4中至少一种以上：所述5’接头的核苷酸序列如SEQ ID NO.5‑8所示。本发明利用双链接头中5’接头尾部的“NGGU‑”序列，可富集全长tRNA进行测序；同时在接头的5’端添加1个随机碱基，降低接头连接过程对某种tRNA分子偏好性。利用一步法连接双链接头，减少实验操作中的样品损耗；18h连接双链接头，可提升连接效率。利用双链接头对不同样本进行区分，可以实现混样测序，减少起始投入量，大大降低测序成本，提高数据产量，能够更好地对tRNA的表达动态进行深入分析。

公开(公告)号：CN119220570A

公开(公告)日：2024-12-31

申请号：CN202411365241.6

申请日：2024-09-29

Applicant: 湖南大学

Inventor： 王奕蓉 ,  于峰 ,  程慧敏 ,  蔡子欣 ,  舒淙瑶

IPC: C12N15/67 ,  C12N15/85 ,  C12Q1/6806 ,  C40B50/06 ,  G16B30/00

Abstract: 本发明属于生物技术技术领域，具体涉及一种根据tRNA表达特征提升蛋白质生物合成效率的方法。本发明提供一种根据tRNA表达特征提升蛋白质生物合成效率的方法，所述方法包含以下步骤：(1)构建样本的tRNA‑seq文库(2)选取将同一同型tRNA中表达量最高的同工受体tRNA相应的密码子定义为高RSAU密码子；(3)将高RSAU密码子替换待表达基因序列中低RSAU密码子。本发明的有益效果：(1)优化密码子偏好性，提高同工tRNA使用效率，平衡密码子和tRNA浓度，提高翻译效率；(2)考虑不同宿主的同工tRNA的表达量，使密码子更适应宿主细胞环境；(3)不仅替换稀有密码子，还考虑tRNA丰度，实现更全面的密码子优化。