公开(公告)号：CN109101784A

公开(公告)日：2018-12-28

申请号：CN201710471068.1

申请日：2017-06-20

Applicant: 河南师范大学

Inventor： 王伟 ,  李克亮

IPC: G06F19/16

Abstract: 本发明涉及一种DNA结合蛋白接口几何结构特征的分析方法，属于生物计算技术领域。本发明首先从蛋白-DNA复合数据集中提取蛋白-DNA结合位点信息；然后根据蛋白-DNA结合位点信息确定蛋白-DNA结合位点的残基形态指数特征和空间环境特征；最后将所确定的蛋白-DNA结合位点的残基形态指数特征和空间环境特征作为特征向量，利用分类模型对获取的特征向量进行分类。本发明通过从残基形态结构和空间环境特征角度分析了双链DNA结合蛋白(简称：DSBs)和单链DNA结合蛋白(简称：SSBs)的结合特异性，有助于深入理解蛋白-DNA的结合机制，而且本发明也能够应用于蛋白-RNA、蛋白-蛋白等领域研究。

公开(公告)号：CN110223730A

公开(公告)日：2019-09-10

申请号：CN201910492586.0

申请日：2019-06-06

Applicant: 河南师范大学

Inventor： 王伟 ,  李克亮 ,  张仕光 ,  吕贺贺 ,  赵远

IPC: G16B20/30

Abstract: 本发明涉及蛋白质与小分子结合位点预测方法、预测装置，属于小分子结合蛋白结合位点预测技术领域。本发明中提出了新的蛋白质与小分子结合位点预测方法，该方法中使用滑动采样窗口法提取数据；蛋白质结合作用会受到结合残基周围环境影响，因此采用采样窗口法提取数据来表征中心位置的残基的特征，具有更好的表征效果；在使用提取的特征构建XGBoost分类模型后，分类模型具有更好的预测效果，能够更准确的预测蛋白与小分子的结合位点。

公开(公告)号：CN110223730B

公开(公告)日：2022-09-27

申请号：CN201910492586.0

申请日：2019-06-06

Applicant: 河南师范大学

Inventor： 王伟 ,  李克亮 ,  张仕光 ,  吕贺贺 ,  赵远

IPC: G16B20/30

Abstract: 本发明涉及蛋白质与小分子结合位点预测方法、预测装置，属于小分子结合蛋白结合位点预测技术领域。本发明中提出了新的蛋白质与小分子结合位点预测方法，该方法中使用滑动采样窗口法提取数据；蛋白质结合作用会受到结合残基周围环境影响，因此采用采样窗口法提取数据来表征中心位置的残基的特征，具有更好的表征效果；在使用提取的特征构建XGBoost分类模型后，分类模型具有更好的预测效果，能够更准确的预测蛋白与小分子的结合位点。