公开(公告)号：CN117577179B

公开(公告)日：2024-05-31

申请号：CN202311536372.1

申请日：2023-11-16

Applicant: 扬州大学

Inventor： 杨晓东 ,  张丽丽 ,  邱磊 ,  顾杰妮 ,  李紫怡 ,  陈学好

IPC: G16B20/30 ,  G16B30/10 ,  G16B40/30

Abstract: 本发明公开了一种基于转录组和DNA甲基化组的基因挖掘方法及系统，其中基因挖掘方法包括获取样本；对样本进行转录组测序，并分析测序所得数据，获得差异表达基因；对样本进行DNA甲基化测序，分析测序所得的数据，获得差异甲基化基因；将获得的差异表达基因和差异甲基化基因进行基因功能富集，获得分子蛋白互作网络；利用分子蛋白互作网络进行基因聚类，以识别目标基因。通过本发明解决了现有转录组和甲基化组挖掘核心基因费时费力，且结果准确性不足的问题。本发明通过有机地融合原本孤立的转录组数据和DNA甲基化组数据，挖掘目标基因。

公开(公告)号：CN118879762A

公开(公告)日：2024-11-01

申请号：CN202411037404.8

申请日：2024-07-31

Applicant: 扬州大学

Inventor： 李紫怡 ,  杨晓东 ,  张丽丽 ,  邱磊 ,  岳昊宇 ,  骆红群 ,  陆毅君 ,  陈学好

IPC: C12N15/82 ,  C07K14/415 ,  C12N15/29 ,  A01H5/00 ,  A01H6/34

Abstract: 本发明公开了一种黄瓜感蚜调控基因CsAGO5a及其应用，包括，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。黄瓜感蚜调控基因CsAGO5a的表达蛋白，氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。含有所述的黄瓜感蚜调控基因CsAGO5a的植物病毒载体pV190。所述载体沉默CsAGO5a基因，在植株中低表达。所述转入载体为pV190，使用BamH I将pV190酶切进行线性化处理再进行重组，得到重组载体。本发明以黄瓜主栽品种“Superina”为材料，通过VIGS技术沉默了CsAGO5a基因，并进行非选择性定居实验等，证明其与植株抗蚜相关，在增强植物抗性、改良抗蚜性筛选方法和创制种质资源等黄瓜育种领域有重要应用价值。

公开(公告)号：CN117577179A

公开(公告)日：2024-02-20

申请号：CN202311536372.1

申请日：2023-11-16

Applicant: 扬州大学

Inventor： 杨晓东 ,  张丽丽 ,  邱磊 ,  顾杰妮 ,  李紫怡 ,  陈学好

IPC: G16B20/30 ,  G16B30/10 ,  G16B40/30

Abstract: 本发明公开了一种基于转录组和DNA甲基化组的基因挖掘方法及系统，其中基因挖掘方法包括获取样本；对样本进行转录组测序，并分析测序所得数据，获得差异表达基因；对样本进行DNA甲基化测序，分析测序所得的数据，获得差异甲基化基因；将获得的差异表达基因和差异甲基化基因进行基因功能富集，获得分子蛋白互作网络；利用分子蛋白互作网络进行基因聚类，以识别目标基因。通过本发明解决了现有转录组和甲基化组挖掘核心基因费时费力，且结果准确性不足的问题。本发明通过有机地融合原本孤立的转录组数据和DNA甲基化组数据，挖掘目标基因。