公开(公告)号：CN103235902A

公开(公告)日：2013-08-07

申请号：CN201310136386.4

申请日：2013-04-18

Applicant: 山东建筑大学

Inventor： 刘振栋 ,  张鹏 ,  崔巍 ,  张志军 ,  李跃军 ,  柳楠 ,  徐功文

IPC: G06F19/18

Abstract: 本发明公开了一种包含假结的RNA结构预测方法。该方法包括：确定待预测RNA序列中的所有结构单元，包括假结，把所有已知存在的结构单元放入结构单元池S0={s1，s2，s3，…sn}，n为结构单元总数，sn表示第n个结构单元；基于待预测RNA序列中的所有结构单元，通过迭代确定U=｛U1，U2，…，Ur，…，UR｝，Ur表示第r次迭代得到的RNA结构能量较小的RNA结构，R为总迭代次数；根据Ur中各元素的自由能及其在所有的RNA结构中出现频率的总和，分别确定Ur中各元素与实际RNA结构的相似值；将U中相似值高的元素预测为该待预测RNA序列的RNA结构。本发明能够降低RNA结构的预测的时间、空间复杂度，提高预测敏感性和特异性。

公开(公告)号：CN103235902B

公开(公告)日：2016-03-09

申请号：CN201310136386.4

申请日：2013-04-18

Applicant: 山东建筑大学

Inventor： 刘振栋 ,  张鹏 ,  崔巍 ,  张志军 ,  李跃军 ,  柳楠 ,  徐功文

IPC: G06F19/18

Abstract: 本发明公开了一种包含假结的RNA结构预测方法。该方法包括：确定待预测RNA序列中的所有结构单元，包括假结，把所有已知存在的结构单元放入结构单元池S0={s1，s2，s3，…sn}，n为结构单元总数，sn表示第n个结构单元；基于待预测RNA序列中的所有结构单元，通过迭代确定U=｛U1，U2，…，Ur，…，UR｝，Ur表示第r次迭代得到的RNA结构能量较小的RNA结构，R为总迭代次数；根据Ur中各元素的自由能及其在所有的RNA结构中出现频率的总和，分别确定Ur中各元素与实际RNA结构的相似值；将U中相似值高的元素预测为该待预测RNA序列的RNA结构。本发明能够降低RNA结构的预测的时间、空间复杂度，提高预测敏感性和特异性。