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公开(公告)号：CN114974421A
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN202210552055.8
申请日：2022-05-20
Applicant: 南开大学
Abstract: 本发明提出了一种基于扩散‑降噪的单细胞转录组测序数据补插方法及系统，包括：获取单细胞转录组测序数据矩阵并进行预处理；对于预处理后的单细胞转录组测序数据矩阵中基因基于概率分布确定补插位点，对补插位点进行扩散操作，完成初步补插；对完成初步补插的单细胞转录组测序数据矩阵基于主成分分析进行白化；对原始获取的单细胞转录组测序数据矩阵进行加权处理，获得细胞间权重图；基于主成分分析白化后的单细胞转录组测序数据矩阵和细胞间权重图通过训练好的神经网路模型输出原始单细胞转录组测序数据。通过扩散‑降噪两阶段的补插处理，能够提高后续对不同细胞的识别的准确性。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113257365A
公开(公告)日：2021-08-13
申请号：CN202110579883.6
申请日：2021-05-26
Applicant: 南开大学
Abstract: 本公开提供了一种面向非标准化单细胞转录组测序数据的聚类方法及系统，获取单细胞转录组测序数据；对获取的测序数据进行预处理；对预处理后的测序数据进行降维和聚类处理，得到聚类结果；将聚类结果根据Spearman相关性由小到大或由大到小排列，从Spearman相关性变化最大的间隙处删除Spearman相关性小的聚类结果；取删除处理后的各个聚类结果的等价关系矩阵平均值进行层次聚类得到最终的聚类结果；本公开在聚类融合阶段前，使得参与聚类融合的聚类结果中和其它聚类结果差距较大的异常聚类结果被剔除，从而提升了聚类融合的性能。
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公开(公告)号：CN113257365B
公开(公告)日：2022-07-12
申请号：CN202110579883.6
申请日：2021-05-26
Applicant: 南开大学
Abstract: 本公开提供了一种面向非标准化单细胞转录组测序数据的聚类方法及系统，获取单细胞转录组测序数据；对获取的测序数据进行预处理；对预处理后的测序数据进行降维和聚类处理，得到聚类结果；将聚类结果根据Spearman相关性由小到大或由大到小排列，从Spearman相关性变化最大的间隙处删除Spearman相关性小的聚类结果；取删除处理后的各个聚类结果的等价关系矩阵平均值进行层次聚类得到最终的聚类结果；本公开在聚类融合阶段前，使得参与聚类融合的聚类结果中和其它聚类结果差距较大的异常聚类结果被剔除，从而提升了聚类融合的性能。
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公开(公告)号：CN114974421B
公开(公告)日：2024-04-30
申请号：CN202210552055.8
申请日：2022-05-20
Applicant: 南开大学
IPC: G16B30/00 , G16B40/00 , G06F17/16 , G06F18/2135 , G06N3/045 , G06N3/0499 , G06N3/042 , G06N3/08
Abstract: 本发明提出了一种基于扩散‑降噪的单细胞转录组测序数据补插方法及系统，包括：获取单细胞转录组测序数据矩阵并进行预处理；对于预处理后的单细胞转录组测序数据矩阵中基因基于概率分布确定补插位点，对补插位点进行扩散操作，完成初步补插；对完成初步补插的单细胞转录组测序数据矩阵基于主成分分析进行白化；对原始获取的单细胞转录组测序数据矩阵进行加权处理，获得细胞间权重图；基于主成分分析白化后的单细胞转录组测序数据矩阵和细胞间权重图通过训练好的神经网路模型输出原始单细胞转录组测序数据。通过扩散‑降噪两阶段的补插处理，能够提高后续对不同细胞的识别的准确性。
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公开(公告)号：CN113257364B
公开(公告)日：2022-07-12
申请号：CN202110578358.2
申请日：2021-05-26
Applicant: 南开大学
Abstract: 本公开提供了一种基于多目标进化的单细胞转录组测序数据聚类方法及系统，获取单细胞转录组测序数据；对获取的测序数据进行预处理；根据预处理后的测序数据，生成细胞间的距离矩阵；对得到的距离矩阵进行降维，得到多个降维结果；对每个降维结果进行k‑means聚类，得到多个聚类结果；对得到的聚类结果进行多目标的进化计算，得到多组进化计算后的聚类结果，每组进化计算后的聚类结果对应一个等价关系矩阵，取各个等价关系矩阵的平均值进行层次聚类得到最终的聚类结果；本公开通过对细胞间的距离矩阵进行降维和初步聚类，对初步聚类后的结果进行多目标进化计算，得到最终的聚类结果，增强了聚类结果的准确性和鲁棒性。
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公开(公告)号：CN113257364A
公开(公告)日：2021-08-13
申请号：CN202110578358.2
申请日：2021-05-26
Applicant: 南开大学
Abstract: 本公开提供了一种基于多目标进化的单细胞转录组测序数据聚类方法及系统，获取单细胞转录组测序数据；对获取的测序数据进行预处理；根据预处理后的测序数据，生成细胞间的距离矩阵；对得到的距离矩阵进行降维，得到多个降维结果；对每个降维结果进行k‑means聚类，得到多个聚类结果；对得到的聚类结果进行多目标的进化计算，得到多组进化计算后的聚类结果，每组进化计算后的聚类结果对应一个等价关系矩阵，取各个等价关系矩阵的平均值进行层次聚类得到最终的聚类结果；本公开通过对细胞间的距离矩阵进行降维和初步聚类，对初步聚类后的结果进行多目标进化计算，得到最终的聚类结果，增强了聚类结果的准确性和鲁棒性。
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