公开(公告)号：CN117912545A

公开(公告)日：2024-04-19

申请号：CN202410010427.3

申请日：2024-01-04

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 周国强 ,  秦宇科 ,  张卫丰 ,  张迎周 ,  王子元

IPC: G16B15/30 ,  G16B40/00 ,  G06F18/25 ,  G06N3/042 ,  G06N3/0455 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/0499 ,  G06N3/08

Abstract: 本发明公开了一种基于跨通道融合的多模态蛋白质‑配体结合亲和力预测方法，旨在提高蛋白质‑配体结合亲和力的预测性能。具体包括：构建蛋白质‑配体复合物结构和亲和力标签；数据预处理，提取残基序列，构建蛋白质口袋残基图、配体分子图和口袋残基‑配体原子相互作用图；生成相应的输入特征，并进行特征提取；融合所有模块的输出生成复合体的向量表示；通过全连接层来预测结合亲和力。值得注意，本发明通过GNN和Transformer的联合框架表征蛋白质口袋和配体分子，解决了GNN的消息传递局部性限制，为节点提供了全局视野。此外，通过残基序列的全局表示与口袋、配体间交互的建模，赋予模型捕获长程相互作用的能力。