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公开(公告)号：CN113005208B
公开(公告)日：2024-03-19
申请号：CN202110481643.2
申请日：2021-04-30
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/686 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于DNA检测技术领域，公开了一种软体动物通用宏条形码扩增引物及其应用方法。本发明的方法依据常见软体18S基因序列设计了6条宏条形码扩增引物，包括3条上游引物和3条下游引物，该引物对软体动物群落覆盖度广、扩增效率高，引物组合可以扩增出长度为200bp至350bp的产物，兼容不同高通量测序平台，这种多引物组合的方法可以降低非特异性扩增，提高PCR成功率，可广泛用作特征条码序列进行软体动物物种鉴定、软体动物多样性分析等研究。
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公开(公告)号：CN113393131B
公开(公告)日：2024-01-30
申请号：CN202110675797.5
申请日：2021-06-18
Applicant: 南京大学
IPC: G06Q10/0639 , C12Q1/689 , C12Q1/6895 , C12N15/11 , G06Q50/26
Abstract: 本发明公开了一种基于环境DNA宏条形码监测数据，对淡水生态系统的浮游植物进行生物完整性评价的方法，属于生物技术领域。本发明基于环境DNA宏条形码监测浮游植物的结果，设计了包含(1)参考点和受损点确定；(2)环境DNA样品采集；(3)eDNA宏条形码生物监测；(4)基于eDNA宏条形码监测的候选生物指标定义及计算；物生物完整性得分；(7)划分健康等级等一系列监测与评价流程，为淡水浮游植物的生态完整性评价提供了完整且易于操作的指导，可广泛应用于溪流、河流、湖泊和水库等淡水生态系统的浮游植物完整性评价和水生态健康状况评估。(5)候选指数筛选；(6)选定生物指标计算浮游植
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公开(公告)号：CN113005208A
公开(公告)日：2021-06-22
申请号：CN202110481643.2
申请日：2021-04-30
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/686 , C12N15/11
Abstract: 本发明属于DNA检测技术领域，公开了一种软体动物通用宏条形码扩增引物及其应用方法。本发明的方法依据常见软体18S基因序列设计了6条宏条形码扩增引物，包括3条上游引物和3条下游引物，该引物对软体动物群落覆盖度广、扩增效率高，引物组合可以扩增出长度为200bp至350bp的产物，兼容不同高通量测序平台，这种多引物组合的方法可以降低非特异性扩增，提高PCR成功率，可广泛用作特征条码序列进行软体动物物种鉴定、软体动物多样性分析等研究。
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公开(公告)号：CN105424415B
公开(公告)日：2018-02-13
申请号：CN201510766516.1
申请日：2015-11-11
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明公开了一种水生生物样品在线自动采集及保存装置，该装置由控制单元、支架、进样单元、分配单元和收集单元组成。本发明装置通过PLC编程，能够根据预设参数自动运行所有动作实现精确采样，自动化程度高，采样效率快，且节省人力、物力成本；本发明装置采用深度传感器实现了对采样深度的精确控制，能够对不同深度的水体进行分层采样，使得检测水样的环境更接近自然环境；本发明装置通过定量控制蠕动泵的运转时间，实现对滤水量的精确控制，克服了现有大多数技术滤水量误差较大的问题；本发明装置除了能自动采集样品外，还具备现场定量添加固定剂功能，提高了所采样品的稳定性。
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公开(公告)号：CN104404160A
公开(公告)日：2015-03-11
申请号：CN201410748206.2
申请日：2014-12-09
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明公开了一种MIT引物设计方法和利用高通量测序构建浮游动物条形码数据库的方法，属于生物技术领域。本发明设计的MIT引物由测序接头序列、8-12个碱基的barcode序列和常规PCR引物组成；本发明中利用高通量测序构建浮游动物条形码数据库的方法包括：单个体裂解法提取DNA、线粒体DNA(MIT)引物PCR扩增、PCR扩增产物纯化及定量、高通量测序和序列分析，本方法采用特殊的MIT引物，避免了测序文库的构建，通过高通量测序可一次性的获得大量的条形码序列，操作方便，快速，经济，便于推广应用，能高效的构建各种动物条形码数据库。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN116144785A
公开(公告)日：2023-05-23
申请号：CN202211175107.0
申请日：2022-09-26
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6851 , C12Q1/6869 , C12Q1/689 , C12N15/11 , C12R1/19
Abstract: 本发明公开了一种基于环境DNA宏条形码技术的鱼类定量方法，属于鱼类多样性研究领域。该方法在现有技术基础上，在DNA提取步骤中加入转化了单拷贝质粒的大肠杆菌，通过单拷贝质粒的提取效率来校正DNA提取的误差，使获得的样品中DNA拷贝数更加准确；在PCR扩增步骤中加入梯度参照物，扩增后测序获得梯度参照物的reads数，拟合得到DNA拷贝数与reads数之间的线性斜率，结合测序获得的样品DNA的reads数，计算样品中DNA拷贝数。通过DNA提取、PCR扩增和测序的联合校正，弥补了现有方法中未考虑DNA提取过程和PCR过程误差的不足，可以使得测序数据更好地反映鱼类的绝对丰度，具有大规模推广应用的潜力。
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公开(公告)号：CN105424415A
公开(公告)日：2016-03-23
申请号：CN201510766516.1
申请日：2015-11-11
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明公开了一种水生生物样品在线自动采集及保存装置，该装置由控制单元、支架、进样单元、分配单元和收集单元组成。本发明装置通过PLC编程，能够根据预设参数自动运行所有动作实现精确采样，自动化程度高，采样效率快，且节省人力、物力成本；本发明装置采用深度传感器实现了对采样深度的精确控制，能够对不同深度的水体进行分层采样，使得检测水样的环境更接近自然环境；本发明装置通过定量控制蠕动泵的运转时间，实现对滤水量的精确控制，克服了现有大多数技术滤水量误差较大的问题；本发明装置除了能自动采集样品外，还具备现场定量添加固定剂功能，提高了所采样品的稳定性。
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公开(公告)号：CN113151500B
公开(公告)日：2024-07-23
申请号：CN202110481747.3
申请日：2021-04-30
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6844 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种淡水珍稀哺乳动物—长江江豚在淡水环境中快速检测方法，属于生物技术领域。本发明首先基于我国长江江豚全线粒体组设计了1对等温扩增引物和探针，该引物具有特异性好、稳定性高的特点，等温PCR扩增中成功率高，可以很好对长江江豚DNA进行PCR扩增，可广泛应用于长江江豚DNA的快速检测以及物种保护等研究中。本发明还配合环境DNA技术以及恒温扩增PCR技术，提供了针对长江江豚基因快速检测的试剂盒，无需经过测序，通过核酸检测试纸条可得知阳性或阴性结果，成本低，操作简便，耗时10‑20分钟，能快速准确的对淡水环境中长江江豚基因进行检测。
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公开(公告)号：CN113393131A
公开(公告)日：2021-09-14
申请号：CN202110675797.5
申请日：2021-06-18
Applicant: 南京大学
IPC: G06Q10/06 , C12Q1/689 , C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种基于环境DNA宏条形码监测数据，对淡水生态系统的浮游植物进行生物完整性评价的方法，属于生物技术领域。本发明基于环境DNA宏条形码监测浮游植物的结果，设计了包含(1)参考点和受损点确定；(2)环境DNA样品采集；(3)eDNA宏条形码生物监测；(4)基于eDNA宏条形码监测的候选生物指标定义及计算；(5)候选指数筛选；(6)选定生物指标计算浮游植物生物完整性得分；(7)划分健康等级等一系列监测与评价流程，为淡水浮游植物的生态完整性评价提供了完整且易于操作的指导，可广泛应用于溪流、河流、湖泊和水库等淡水生态系统的浮游植物完整性评价和水生态健康状况评估。
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公开(公告)号：CN104404154B
公开(公告)日：2018-01-09
申请号：CN201410736863.5
申请日：2014-12-05
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明公开了一种浮游动物rrnL基因扩增引物及其筛选方法和应用及应用方法，属于生物技术领域。本发明依据常见浮游动物rrnL基因序列设计了9条PCR扩增引物，包括5条上游引物和4条下游引物，该引物对浮游动物覆盖度广、扩增效率高，其PCR产物兼容高通量测序平台，将上游引物和下游引物两两组合可以扩增出长度为190bp至390bp的产物，这种多引物组合的方法可以降低非特异性扩增，提高PCR成功率，可广泛用作Barcode序列进行物种鉴定、生物多样性分析等研究。
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