公开(公告)号：CN102663270B

公开(公告)日：2015-06-17

申请号：CN201210060480.1

申请日：2012-03-08

Applicant: 华中科技大学

Inventor： 金海 ,  郑然 ,  冯晓文 ,  梁添

IPC: G06F19/22 ,  G06F17/30

Abstract: 本发明公开了一种基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，包括：初始化GPU的块大小为Bs，并确定线程数量为N，用户输入的待查询序列Q的长度为qlen，GPU在共享内存中建立分值缓冲区score[Bs]和比对结果缓冲区val[Bs*17][2]，GPU初始化线程号为tid，score[]为零，val[][]为零，缓冲器标记p＝1，段计数器s＝0，线程号tid小于线程数量N的所有线程在纹理内存中查找相应的数据库序列，并将数据库序列的序列号sid设置为线程号tid，设置计数器i＝0，每个线程分别取出相应数据库序列中的第i个字符，设置计数器j＝s，每个线程分别取出待查询序列Q中的第j个字符。本发明能实现Smith-Waterman算法快速打分，且能高效直观地写回比对结果，从而为回溯部分获取最佳匹配片段提供分值矩阵。

公开(公告)号：CN102663270A

公开(公告)日：2012-09-12

申请号：CN201210060480.1

申请日：2012-03-08

Applicant: 华中科技大学

Inventor： 金海 ,  郑然 ,  冯晓文 ,  梁添

IPC: G06F19/22 ,  G06F17/30

Abstract: 本发明公开了一种基于GPU的序列比对算法的比对结果处理方法，包括：初始化GPU的块大小为Bs，并确定线程数量为N，用户输入的待查询序列Q的长度为qlen，GPU在共享内存中建立分值缓冲区score[Bs]和比对结果缓冲区val[Bs*17][2]，GPU初始化线程号为tid，score[]为零，val[][]为零，缓冲器标记p＝1，段计数器s＝0，线程号tid小于线程数量N的所有线程在纹理内存中查找相应的数据库序列，并将数据库序列的序列号sid设置为线程号tid，设置计数器i＝0，每个线程分别取出相应数据库序列中的第i个字符，设置计数器j＝s，每个线程分别取出待查询序列Q中的第j个字符。本发明能实现Smith-Waterman算法快速打分，且能高效直观地写回比对结果，从而为回溯部分获取最佳匹配片段提供分值矩阵。