公开(公告)号：CN106636389A

公开(公告)日：2017-05-10

申请号：CN201611163560.4

申请日：2016-12-15

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  巩琛锐 ,  杜庆章

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6858 ,  C12Q2537/165 ,  C12Q2563/107

Abstract: 本发明提供了一种木质素合成途径中上位性效应检测方法，包括以下步骤：1)根据已知木质素合成通路，选取参与合成木质素单体的基因作为目的基因；2)对待测样品目的基因进行InDel位点基因型分型，获得待测样品的基因型数据；3)根据待测样品的基因型数据和待测样品的木质素含量，用epiSNP软件计算目的基因的上位性效应位点；4)对上位性效应位点间的上位性效应的显著性进行检测验证。本发明所述方法利用InDel位点基因型分型，采用简单的PCR就可以精准、简便的测定木质素合成通路中的上位性效应，实验技术成熟，操作简便，检测通量高。

公开(公告)号：CN104293895A

公开(公告)日：2015-01-21

申请号：CN201310298854.8

申请日：2013-07-16

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  杜庆章 ,  巩琛锐

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6895 ,  C12Q2600/13 ,  C12Q2600/156

Abstract: 本发明公开了一种利用微卫星DNA分子标记技术构建杨树核心种质的方法及试剂盒。该方法包括以下步骤：S1，收集毛白杨种质资源；S2，提取步骤S1中毛白杨的基因组DNA；S3，PCR扩增在毛白杨全基因组区域开发的多态性微卫星DNA标记；S4，利用UPGMA-聚类分析逐次随机取样及STRUCTURE模型重检测联合分析法构建8%～30%不等规模的候选核心种质群体；S5，通过比较候选核心种质群体与原群体在分子遗传多样性及数量性状变异水平上的差异，确定15%的核心种质群体。一方面可以较好的反映该物种表型性状多样性，避免遗漏珍贵的种质资源，另一方面，能够为后期开展分子标记定向选择育种提供较好的种质资源材料。

公开(公告)号：CN106636389B

公开(公告)日：2020-10-02

申请号：CN201611163560.4

申请日：2016-12-15

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  巩琛锐 ,  杜庆章

IPC: C12Q1/6858

Abstract: 本发明提供了一种木质素合成途径中上位性效应检测方法，包括以下步骤：1)根据已知木质素合成通路，选取参与合成木质素单体的基因作为目的基因；2)对待测样品目的基因进行InDel位点基因型分型，获得待测样品的基因型数据；3)根据待测样品的基因型数据和待测样品的木质素含量，用epiSNP软件计算目的基因的上位性效应位点；4)对上位性效应位点间的上位性效应的显著性进行检测验证。本发明所述方法利用InDel位点基因型分型，采用简单的PCR就可以精准、简便的测定木质素合成通路中的上位性效应，实验技术成熟，操作简便，检测通量高。

公开(公告)号：CN106399579A

公开(公告)日：2017-02-15

申请号：CN201611160425.4

申请日：2016-12-15

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  巩琛锐 ,  杜庆章

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6858 ,  C12Q2563/107 ,  C12Q2565/125

Abstract: 本发明提供了一种InDel位点基因型分型的方法，包括以下步骤：1)将目的基因DNA序列进行T载体克隆测序，得到目的基因克隆产物序列，将所述目的基因克隆产物序列进行多重比对，得到InDel位点；2)根据所述InDel位点设计PCR扩增引物，所述PCR扩增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用荧光基团修饰；3)用所述PCR扩增引物对待测样本DNA进行PCR扩增获得扩增产物，用毛细管荧光凝胶电泳检测扩增产物确定所述待测样本中InDel位点的基因型。本发明提供的基因型分型方法，成本低、操作简单灵活、结果准确。