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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN112951330B
公开(公告)日：2022-09-27
申请号：CN202110169153.9
申请日：2021-02-07
Applicant: 北京大学
Abstract: 本发明属于水土污染防治领域，具体涉及一种基于宏组学技术从复杂环境体系中获知全程氨氧化微生物相对丰度和活性的方法。本发明通过宏基因组/宏转录组测序及生物信息学处理，从环境复杂的微生物群落中提取全程氨氧化微生物基因组及转录本，明确体系中全程氨氧化微生物的相对丰度、活性和群落结构特征，构建群体代谢潜能模型的完整图景，从而确定该类微生物对氮转化过程的潜在贡献。该方法具有通量高、灵敏度高、准确率高的特点，无需对微生物进行富集、培养，具有“原位”特性，适用于大规模的采样调查研究，对特定区域硝化管理策略的优化具有重要意义。
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公开(公告)号：CN112951330A
公开(公告)日：2021-06-11
申请号：CN202110169153.9
申请日：2021-02-07
Applicant: 北京大学
Abstract: 本发明属于水土污染防治领域，具体涉及一种基于宏组学技术从复杂环境体系中获知全程氨氧化微生物相对丰度和活性的方法。本发明通过宏基因组/宏转录组测序及生物信息学处理，从环境复杂的微生物群落中提取全程氨氧化微生物基因组及转录本，明确体系中全程氨氧化微生物的相对丰度、活性和群落结构特征，构建群体代谢潜能模型的完整图景，从而确定该类微生物对氮转化过程的潜在贡献。该方法具有通量高、灵敏度高、准确率高的特点，无需对微生物进行富集、培养，具有“原位”特性，适用于大规模的采样调查研究，对特定区域硝化管理策略的优化具有重要意义。
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公开(公告)号：CN112786102B
公开(公告)日：2022-10-21
申请号：CN202110099309.0
申请日：2021-01-25
Applicant: 北京大学
Abstract: 本发明公开了一种基于宏基因组学分析精准识别水体中未知微生物群落的方法，所述方法包括步骤(1)自水样提取宏基因组DNA；(2)DNA测序；(3)根据目标群落选择性构建参考数据库；(4)对测序数据进行组装获得组装数据；(5)对组装数据进行分箱；(6)对分箱数据进行质量测试，标记MAGs的质量，并计算测序深度；(7)根据构建的参考数据库对组装数据进行注释；(8)对MAGs做进化关系分析，进而做出宏基因组群落结构分析。本发明不依赖更新速度较慢的大型软件配套数据库，适合处理未知物种较多的样本，且可检测极低丰度物种，检测全面、快速。
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公开(公告)号：CN112786102A
公开(公告)日：2021-05-11
申请号：CN202110099309.0
申请日：2021-01-25
Applicant: 北京大学
Abstract: 本发明公开了一种基于宏基因组学分析精准识别水体中未知微生物群落的方法，所述方法包括步骤(1)自水样提取宏基因组DNA；(2)DNA测序；(3)根据目标群落选择性构建参考数据库；(4)对测序数据进行组装获得组装数据；(5)对组装数据进行分箱；(6)对分箱数据进行质量测试，标记MAGs的质量，并计算测序深度；(7)根据构建的参考数据库对组装数据进行注释；(8)对MAGs做进化关系分析，进而做出宏基因组群落结构分析。本发明不依赖更新速度较慢的大型软件配套数据库，适合处理未知物种较多的样本，且可检测极低丰度物种，检测全面、快速。
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公开(公告)号：CN112662783A
公开(公告)日：2021-04-16
申请号：CN202110097856.5
申请日：2021-01-25
Applicant: 北京大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/686 , C12Q1/6869 , G16B30/00 , G16B50/00
Abstract: 本发明公开一种基于环境DNA技术监测淡水底栖动物群落多样性的方法，包括步骤：(1)采集表层水样；(2)水样过滤与eDNA提取；(3)PCR扩增；(4)高通量测序，获得OTU的代表序列；(5)底栖动物比对数据库的建立；(6)比对建立的底栖动物数据库，对待测样品OTUs代表性序列进行物种注释。本发明取样简单、人力成本低，检测方便快捷，无需对底栖动物进行形态学鉴定。
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