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公开(公告)号：CN117334250A
公开(公告)日：2024-01-02
申请号：CN202210722057.7
申请日：2022-06-24
申请人： 中国农业大学
摘要： 本发明涉及一种基于测序数据优选功能位点的方法，具体步骤为：1.通过基因组测序得到全部样本的SNP位点，在全部样本中随机挑选出若干样本作为发现群体，提取生物学先验信息；2.根据步骤1获得的生物学先验信息划定基因组重要区域；3.全基因组进行划框连锁不平衡过滤，在重要区域内降低LD过滤的阈值或者不进行过滤，提升重要区域的标记密度，最终筛选出性状特异性标记集合。本发明在进行育种值估计之前，首先进行选择性连锁不平衡位点筛选可以增加位点的信噪比，提升预测准确性。此外降低位点数目可以大幅度降低计算资源和时间的消耗，提升育种效率。
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公开(公告)号：CN117316279A
公开(公告)日：2023-12-29
申请号：CN202210732396.3
申请日：2022-06-24
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： G16B30/00 , G16B20/30 , C12Q1/6809
摘要： 本发明涉及一种基于定向基因组测序获取全基因组SNP位点的方法。本发明所述方法建立了一种分析定向基因组测序数据多态位点的新流程，该方法避免了原有定向基因组测序流程中对测序深度敏感、分型准确度有限等不利因素，在低成本的基础上，可以更准确地得到分布于全基因组的、更高密度的SNP信息。
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公开(公告)号：CN115287368A
公开(公告)日：2022-11-04
申请号：CN202210732593.5
申请日：2022-06-24
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6888 , C12Q1/6869 , G16B20/20 , G16B20/40 , G16B30/10 , G16B40/00
摘要： 本发明涉及一种鸡屠体重性状育种17K SNP测序分型芯片及应用。本发明技术区别于传统的固相芯片和基于测序的“液相芯片”原理，利用大规模低深度全基因组重测序技术得到的遗传标记特异性筛选与鸡屠体重相关的功能标记信息，极大剔除了测序数据信息中的噪音位点，同时保留与屠体重相关的功能位点，最终形成一种应用于鸡屠体重性状育种的17K SNP测序分型芯片，降低分型成本的同时，极大地提升了屠体重性状的育种准确性。
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公开(公告)号：CN115287364A
公开(公告)日：2022-11-04
申请号：CN202210732402.5
申请日：2022-06-24
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6888 , C12Q1/6874 , G16B20/20 , G16B20/30 , G16B40/00
摘要： 本发明涉及一种猪达百公斤体重日龄性状育种17K SNP测序分型芯片。本发明利用大规模低深度全基因组重测序技术得到的遗传标记特异性筛选与猪达百公斤体重日龄性状相关的功能标记信息，极大剔除了测序数据信息中的噪音位点，同时保留与猪达百公斤体重日龄性状体重相关的功能位点，最终形成一种应用于猪达百公斤体重日龄性状育种的17K SNP测序分型芯片，降低分型成本的同时，极大地提升了猪达百公斤体重日龄性状的育种准确性。
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公开(公告)号：CN114854825A
公开(公告)日：2022-08-05
申请号：CN202110159102.8
申请日：2021-02-04
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12N15/10 , C12N15/11 , C40B50/06 , C40B80/00
摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，尤其涉及一种适用于DNBSEQ技术的简化基因组测序的建库接头及方法。所述接头包括上游接头序列和下游接头序列；所述上游接头序列包括顺序连接的上游Barcode片段、Q1‑1片段、Index片段和Q1‑2片段；所述下游接头序列包括下游Barcode片段和Q2片段；其中，上游接头序列反向互补，下游接头序列中Q2片段部分反向互补；所述上游Barcode片段和所述下游Barcode片段不等长。本发明提供一种建库接头并基于该建库接头设计了一种适用于DNBSEQ技术的简化基因组测序方法，可以准确、快捷、有效地进行基因组测序。
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公开(公告)号：CN106567132B
公开(公告)日：2020-06-16
申请号：CN201510660588.8
申请日：2015-10-13
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C40B50/06
摘要： 本发明提供了一种简化基因组测序的建库方法，包括在酶切产物两端分别连接通用接头和条形码接头获得连接产物并进行混池；在混池后的连接产物中加入1.2‑1.4倍体积的磁珠进行第一纯化获得第一纯化产物；在所述第一纯化产物中加入0.8‑0.9倍体积的磁珠进行第二纯化获得第二纯化产物；对第二纯化产物进行PCR扩增获得PCR产物；在PCR产物中加入1.2‑1.4倍体积的磁珠进行第三纯化获得第三纯化产物；在第三纯化产物中加入0.8‑0.9倍体积的磁珠进行第四纯化获得简化基因组测序文库。该方法能够稳定抓取基因组特定长度片段用于高通量SNP分型的建库，减少PCR过程中短的酶切产物所造成的影响，使得简化基因组测序技术能够在不同内切酶、不同物种中更好的移植和推广。
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公开(公告)号：CN107868832B
公开(公告)日：2020-05-15
申请号：CN201711122499.3
申请日：2017-11-14
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6888 , C12N15/11
摘要： 本发明提供一个与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用。通过优化的GBS技术对3702头具有重要经济性能记录的杜洛克猪群体进行GWAS研究，分析得到一个影响猪100kg体重背膘厚、30‑100kg日增重、平均日采食量和平均日采食时间的SNP(chr1：179090701)位点，对该位点在中国地方猪种及商品猪种中进行SNP频率分析，发现商品猪中T为优势等位基因，地方猪中C为优势等位基因。商品猪比地方猪增重快、瘦肉率高，说明该SNP位点可作为分子标记用于选育优良猪种，在瘦肉率低或增重慢的群体中，通过选择该位点等位基因T的个体，可以提高育种群体的瘦肉率和生长速度。
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公开(公告)号：CN107937559B
公开(公告)日：2020-05-05
申请号：CN201711124234.7
申请日：2017-11-14
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6888 , C12N15/11
摘要： 本发明涉及SNP位点，具体公开了一个与猪多个重要经济性状相关的SNP位点(Chr7：34960267)及其应用。本发明通过测定并记录杜洛克猪的多个重要经济性状，利用优化的GBS技术对3702头杜洛克猪体进行GWAS研究，得到了一个与猪多个重要经济性状(背膘厚、眼肌面积和瘦肉率)显著相关的SNP(Chr7：34960267)位点。统计该SNP位点在重测序的地方猪种(金华猪、五指山猪、陆川猪、梅山猪、荣昌猪、莱芜猪、二花脸猪、河套猪和民猪)与商品猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪和杜长大猪)中的SNP频率，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中G为优势等位基因，地方猪中C为优势等位基因，为猪的标记辅助选择提供了科学依据。
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公开(公告)号：CN107815498B
公开(公告)日：2020-05-05
申请号：CN201711123201.0
申请日：2017-11-14
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6888 , C12N15/11
摘要： 本发明提供一个与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用。通过优化的GBS技术对3702头具有重要经济性能记录的杜洛克猪群体进行GWAS研究，分析得到一个影响猪100kg体重背膘厚、100kg体重眼肌面积和100kg体重瘦肉率的SNP(chr7：35150544)位点，对这个位点在中国地方猪种及商品猪种中进行SNP频率分析，发现商品猪中T为优势等位基因，地方猪中G为优势等位基因。商品猪比地方猪增重快、瘦肉率高，说明该SNP位点可作为分子标记用于选育优良猪种，在瘦肉率低的群体中，通过选择该位点等位基因T的个体，可以提高育种群体的瘦肉率。
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公开(公告)号：CN105462969B
公开(公告)日：2019-01-04
申请号：CN201510954765.3
申请日：2015-12-17
申请人： 中国农业大学
摘要： 本发明涉及基因工程领域，具体公开了一个猪特异性友好位点Pifs102。所述友好位点Pifs102在基因组上的位置为：第13号染色体上第98768519bp(NC_010455.4，基于猪基因组序列信息版本号Sscrofa10.2，2011年9月)。本发明提供的猪特异性友好位点Pifs102可用于外源基因的稳定表达，解决转基因过程中外源基因表达的不稳定以及位置效应的不可预知性等问题。本发明提供的猪特异性友好位点Pifs102，使得对大家畜进行定点整合外源基因变得可靠，为大家畜的定点整合奠定了基础。本发明针对猪特异性友好位点Pifs102提供的打靶载体可以高效特异的实现打靶。
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