公开(公告)号：CN108491687B

公开(公告)日：2021-07-13

申请号：CN201810242418.1

申请日：2018-03-22

Applicant: 中南大学

Inventor： 李敏 ,  唐丽 ,  吴彬彬 ,  罗军伟 ,  王建新

IPC: G16B30/20 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种基于contig质量评估分类及图优化的scaffolding方法，采用序列比对信息以及contig的GC含量信息对contig集合进行质量评估并分类，再将每个contig作为一个节点，根据双端读数比对到contig上的数量期望值以及实际值之间的差异判断是否在两个节点之间构建边，并计算边的权值，构建加权的scaffold图。最后通过为节点分配方向以及剪切节点来消除scaffold图中的方向冲突，通过为节点分配顺序来消除scaffold图中的顺序冲突。本发明简单易用，在四组真实测序数据上表现出良好的拼接结果，较其他序列拼接方法具有更高的F‑score值。

公开(公告)号：CN110544510A

公开(公告)日：2019-12-06

申请号：CN201910473254.8

申请日：2019-05-31

Applicant: 中南大学

Inventor： 李敏 ,  唐丽 ,  廖兴宇 ,  王建新

IPC: G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种新的基于邻接代数模型及质量评估的contig集成方法，提出了一种新的全局打分函数，采用双端读数以及contig集合之间的比对质量，覆盖度信息contig集合进行整体打分及排序。在邻接代数模型的基础上构建邻接图，并通过提取共识序列形成节点与边。利用contig的覆盖度几GC含量信息对contig进行质量等级评估，并将评估信息用于邻接图的优化。本发明简单易用，在四组真实测序数据上表现出良好的拼接结果，较其他contig集成方法具有更高的NGA50值以及更低的错误率。

公开(公告)号：CN110544510B

公开(公告)日：2023-03-24

申请号：CN201910473254.8

申请日：2019-05-31

Applicant: 中南大学

Inventor： 李敏 ,  唐丽 ,  廖兴宇 ,  王建新

IPC: G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种新的基于邻接代数模型及质量评估的contig集成方法，提出了一种新的全局打分函数，采用双端读数以及contig集合之间的比对质量，覆盖度信息contig集合进行整体打分及排序。在邻接代数模型的基础上构建邻接图，并通过提取共识序列形成节点与边。利用contig的覆盖度几GC含量信息对contig进行质量等级评估，并将评估信息用于邻接图的优化。本发明简单易用，在四组真实测序数据上表现出良好的拼接结果，较其他contig集成方法具有更高的NGA50值以及更低的错误率。

公开(公告)号：CN108491687A

公开(公告)日：2018-09-04

申请号：CN201810242418.1

申请日：2018-03-22

Applicant: 中南大学

Inventor： 李敏 ,  唐丽 ,  吴彬彬 ,  罗军伟 ,  王建新

IPC: G06F19/18 ,  G06F19/24

Abstract: 本发明公开了一种基于contig质量评估分类及图优化的scaffolding方法，采用序列比对信息以及contig的GC含量信息对contig集合进行质量评估并分类，再将每个contig作为一个节点，根据双端读数比对到contig上的数量期望值以及实际值之间的差异判断是否在两个节点之间构建边，并计算边的权值，构建加权的scaffold图。最后通过为节点分配方向以及剪切节点来消除scaffold图中的方向冲突，通过为节点分配顺序来消除scaffold图中的顺序冲突。本发明简单易用，在四组真实测序数据上表现出良好的拼接结果，较其他序列拼接方法具有更高的F-score值。