公开(公告)号：CN119851761A

公开(公告)日：2025-04-18

申请号：CN202510070987.2

申请日：2025-01-16

Applicant: 东南大学

Inventor： 李健 ,  曹哲奇 ,  翟天章 ,  张扬 ,  潘入墨

IPC: G16B30/10 ,  G16B50/00

Abstract: 本发明公开了一种基于Spark的分布式序列比对方法及系统，涉及生物信息学技术领域，包括：接收Minimap2参考序列，基于Minimap2的多部分索引生成功能生成参考序列的多部分索引；基于参考序列的多部分索引内的字符串作为标识符将参考序列的多部分索引进行分区，得到分区副本，将分区副本分发至Spark集群的各个节点上；接收查询序列，对查询序列通过FASTA或FASTQ的文件格式进行分区，基于参考序列的分区数量和查询序列的分区数量以及各个节点上的分区副本生成多节点共享任务队列；各个节点基于多节点共享任务队列，选择自身所有索引文件分区副本对应的任务队列中需要处理剩余所有任务所需花费的时间最长的任务队列中的任务进行处理，得到任务处理结果。结合了查询序列分区和参考序列数据库分区的策略，通过建立多节点共享任务队列实现动态负载均衡，优化了Minimap2与大规模数据集比对时的效率。适用于第三代测序技术产生的长序列数据，特别适用于现场快速测序与分析的应用场景。

公开(公告)号：CN119405314A

公开(公告)日：2025-02-11

申请号：CN202411509174.0

申请日：2024-10-28

Applicant: 东南大学

Inventor： 李健 ,  徐治 ,  许锦秋 ,  潘入墨 ,  冯思度

IPC: A61B5/16 ,  G16H50/20 ,  G16H50/70 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/0455 ,  G06N3/0442 ,  G06N3/08 ,  G06N20/00 ,  G10L25/66

Abstract: 本发明公开了一种基于语音信号的抑郁症辅助诊断系统及诊断方法，包括：语音采集模块、特征提取模块、诊断模型训练模块和诊断结果输出模块；语音采集模块用于采集受试者语音信号，构建抑郁语音对照扩展集；特征提取模块用于对所收集的语音信号进行特征提取，分析eGeMAPS和VGGish两种声学特征；诊断模型训练模块用于对eGeMAPS和VGGish特征进行处理并融合，基于Transformer架构的编码器，构建EGV‑AttNet模型；诊断结果输出模块训练并保存EGV‑AttNet模型，对新的语音信号进行诊断，输出诊断结果。本发明能够有效提高抑郁症诊断的准确性和效率。