公开(公告)号：CN113870949A

公开(公告)日：2021-12-31

申请号：CN202111172443.5

申请日：2021-10-08

Applicant: 东北林业大学 ,  电子科技大学长三角研究院(衢州)

Inventor： 汪国华 ,  高文韬 ,  邹权

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/20 ,  G06K9/62 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 基于深度学习的nanopore测序数据碱基识别方法，涉及生物信息学领域，针对现有技术中nanopore测序准确率低的问题，一：下载包括肺杆菌、肠杆菌、变形杆菌在内的50组nanopore原始数据作为训练集；二：对50组原始数据进行碱基识别，得到碱基序列；三：获取准确率在99％以上的Illumina测序序列，并以准确率在99％以上的Illumina测序序列作为参考基因组，以参考基因组作为ground truth并使用Tombo算法对碱基序列进行校正；四：使用Re‑squiggle方法将校正后的碱基序列转换为对应的电信号数据，然后将电信号数据进行标记；五：利用标记后的电信号数据以及原始数据训练神经网络，并利用训练好的神经网络进行碱基识别。本申请实现了对nanopore测序数据碱基序列高准确的识别。

公开(公告)号：CN113870949B

公开(公告)日：2022-05-17

申请号：CN202111172443.5

申请日：2021-10-08

Applicant: 东北林业大学 ,  电子科技大学长三角研究院(衢州)

Inventor： 汪国华 ,  高文韬 ,  邹权

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/20 ,  G06K9/62 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 基于深度学习的nanopore测序数据碱基识别方法，涉及生物信息学领域，针对现有技术中nanopore测序准确率低的问题，一：下载包括肺杆菌、肠杆菌、变形杆菌在内的50组nanopore原始数据作为训练集；二：对50组原始数据进行碱基识别，得到碱基序列；三：获取准确率在99％以上的Illumina测序序列，并以准确率在99％以上的Illumina测序序列作为参考基因组，以参考基因组作为ground truth并使用Tombo算法对碱基序列进行校正；四：使用Re‑squiggle方法将校正后的碱基序列转换为对应的电信号数据，然后将电信号数据进行标记；五：利用标记后的电信号数据以及原始数据训练神经网络，并利用训练好的神经网络进行碱基识别。本申请实现了对nanopore测序数据碱基序列高准确的识别。