公开(公告)号：CN116705161A

公开(公告)日：2023-09-05

申请号：CN202310491219.5

申请日：2023-05-05

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 李家琛 ,  潘小勇 ,  袁野 ,  沈红斌

IPC: G16B25/10 ,  G16B40/00

Abstract: 一种基于RNA速度和基因调控关系的细胞伪时间轨迹分析方法及系统，通过对基因表达进行预处理后，筛选出潜在的调控关系，并据此建立RNA速度模型；使用推广EM算法对其模型参数进行迭代优化，再通过整合在各个基因上的RNA速度优化模型后，进行伪时间分析和细胞分化轨迹预测。本发明摆脱现有技术对于剪切/未剪切信息的依赖。这样既可以大大提高模型的拟合能力，又能将RNA velocity模型推广到不能提供剪切/未剪切信息的单细胞转录组数据集中。

公开(公告)号：CN114091603A

公开(公告)日：2022-02-25

申请号：CN202111385235.3

申请日：2021-11-22

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 李家琛 ,  陈思衡 ,  潘小勇 ,  袁野 ,  沈红斌

IPC: G06K9/62 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08 ,  G16B40/00

Abstract: 一种空间转录组细胞聚类方法，包括步骤：对于空间转路组中每个细胞基因表达进行预处理；根据所述空间转路组的细胞坐标生成邻接矩阵A，获得空间转录组细胞的图结构表示，由细胞特征矩阵X表示细胞基因表达，将邻接矩阵A和细胞特征矩阵X输入经过训练的图卷积神经网络模型DGI；所述图卷积神经网络模型DGI输出具有空间信息的结点特征表示；对所述结点特征表示采用降维、聚类算法处理后，识别、获得所述空间转录组细胞类型。