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公开(公告)号：CN118755781A
公开(公告)日：2024-10-11
申请号：CN202411158373.1
申请日：2024-08-22
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12P19/34
Abstract: 本发明公开了一种基于通用碱基的新型DNA酶促从头合成方法。本发明提供了一种人工DNA从头合成的方法，包括：制备生物素修饰的由通用碱基序列和特定碱基序列组成的DNA模板和互补引物；所述互补引物与所述特定碱基序列反向互补；将生物素修饰的DNA模板和链霉亲和素磁珠结合；将互补引物退火到DNA模板上，作为引发链；利用能识别通用碱基为模板的DNA聚合酶进行DNA酶促合成反应；期间，使用经修饰的dNTP进行可逆终止反应，控制合成的DNA序列；反应完成后，将酶促合成产物从DNA模板上剥离下来；检测。本发明所提供的人工DNA从头合成的方法是使用有模板聚合酶的酶促合成方法，可以极大的增加合成效率和降低合成成本。
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公开(公告)号：CN118146380A
公开(公告)日：2024-06-07
申请号：CN202410440858.3
申请日：2024-04-12
Applicant: 上海交通大学
IPC: C07K16/32 , C12N15/13 , G01N33/577 , G01N33/574 , G01N33/569 , A61K39/395 , A61P35/00
Abstract: 本发明公开了基于AI从头设计筛选合成的HER2蛋白特异性结合抗体及其应用。本发明利用AI预测及噬菌体筛选技术获得了可特异性结合HER2的单克隆抗体DY23HER202，其重链可变区CDRH3的氨基酸序列为SEQ ID NO.1。经过ELISA实验、流式实验、免疫荧光实验和免疫组化实验验证，检测结果表明，DY23HER202单抗与HER2的结合相比较于其他筛选的单抗具有高灵敏度和高特异性；经过BLI检测，结果显示DY23HER202与HER2具有高亲和力。本发明提供的DY23HER202单抗可用于制备检测HER2或HER2蛋白阳性肿瘤的试剂或试剂盒或开发治疗HER2蛋白阳性肿瘤的药物。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118932024A
公开(公告)日：2024-11-12
申请号：CN202411191021.6
申请日：2024-08-28
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6837 , C12Q1/6874 , C12Q1/6806
Abstract: 本发明公开了一种空间转录组芯片及其制备方法与应用。本发明方法包括如下步骤：将基底清洗，放入疏水性硅烷溶液中浸泡，然后使用强腐蚀性试剂或激光刻蚀点阵，再依次加入Spacer试剂、Unylinker分子处理，在其上通过3D喷墨打印或者光化学原位合成设备合成用于空间转录组分析的DNA序列，采用凝胶或收缩薄膜捕获所述DNA阵列芯片的DNA序列，得到包含了捕获序列点阵的凝胶层或收缩薄膜，等比例缩小，将缩小后的凝胶层或收缩薄膜固定到基底上，即得到高空间分辨率、高检测灵敏度的空间转录组芯片。本发明通过序列点阵缩小工艺提高空间转录组分析的空间分辨率和检测灵敏度。
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公开(公告)号：CN117229330A
公开(公告)日：2023-12-15
申请号：CN202311116401.9
申请日：2023-08-31
Applicant: 上海交通大学 , 上海迪赢生物科技有限公司
Abstract: 本发明涉及寡核苷酸合成技术领域，公开了二氧化硅微球在合成超长寡核苷酸中的应用以及合成超长寡核苷酸的方法，其中，二氧化硅微球的比表面积小于1m2/g，优选情况下，二氧化硅微球的表面具有修饰基团。合成超长寡核苷酸的方法包括：在偶联反应条件下，以表面具有修饰基团的二氧化硅微球作为载体使核苷亚磷酰胺合成单元进行偶联反应。采用本发明的制备的载体可以制备得到超长寡核苷酸。
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公开(公告)号：CN114540474B
公开(公告)日：2024-04-26
申请号：CN202210242595.6
申请日：2022-03-11
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , C12N15/11 , C12Q1/6806 , C12Q1/6886 , C12Q1/6883
Abstract: 本发明公开了一种基于暗探针技术的NGS靶向捕获方法及其在差异深度测序中的应用。本发明提供了一种同时检测全基因组目的区域范围内外显子和SNP位点的靶向捕获高通量测序方法，包括：根据所述目的区域的核苷酸序列设计能够捕获所述目的区域内全部外显子和全部SNP位点的两组原始探针；两组原始探针中有一组同时存在标记和不标记的两种形式，另一组只存在标记形式；将两组探针按照标记探针比例不同进行配比组合然后与待测基因组文库杂交，得到捕获文库；高通量测序。本发明的暗探针捕获法比标准的外显子测序操作相同的单管反应下根据不同区域的需求控制测序覆盖度，显著提高NGS的数据利用率。本发明的暗探针方法可以作为WGS的高性价比的替代方案。
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公开(公告)号：CN115386965A
公开(公告)日：2022-11-25
申请号：CN202211046021.8
申请日：2022-08-30
Applicant: 上海交通大学 , 上海迪赢生物科技有限公司
IPC: C40B50/06 , C40B40/06 , C12Q1/6837 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了基于空间交错编码多组学芯片及其制备方法与应用。本发明基于3D喷墨原位DNA合成技术利用空间交错编码策略制作高分辨率的大尺度空间多组学芯片，进而使用空间原位捕获策略对组织切片进行高通量的原位转录组分析、原位表观组分析、原位非编码RNA分析和原位蛋白组分析；实现了单细胞分辨率、大尺度空间覆盖，同时兼顾高的基因数目检出率；可用于器官或组织的三维全覆盖精确转录图谱或时空图谱构建。
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公开(公告)号：CN114540474A
公开(公告)日：2022-05-27
申请号：CN202210242595.6
申请日：2022-03-11
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , C12N15/11 , C12Q1/6806 , C12Q1/6886 , C12Q1/6883
Abstract: 本发明公开了一种基于暗探针技术的NGS靶向捕获方法及其在差异深度测序中的应用。本发明提供了一种同时检测全基因组目的区域范围内外显子和SNP位点的靶向捕获高通量测序方法，包括：根据所述目的区域的核苷酸序列设计能够捕获所述目的区域内全部外显子和全部SNP位点的两组原始探针；两组原始探针中有一组同时存在标记和不标记的两种形式，另一组只存在标记形式；将两组探针按照标记探针比例不同进行配比组合然后与待测基因组文库杂交，得到捕获文库；高通量测序。本发明的暗探针捕获法比标准的外显子测序操作相同的单管反应下根据不同区域的需求控制测序覆盖度，显著提高NGS的数据利用率。本发明的暗探针方法可以作为WGS的高性价比的替代方案。
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