公开(公告)号：CN103852513A

公开(公告)日：2014-06-11

申请号：CN201210501813.X

申请日：2012-11-29

Applicant: 中国科学院计算技术研究所 ,  北京市生命科学研究所

Inventor： 迟浩 ,  陈海丰 ,  孙瑞祥 ,  董梦秋 ,  贺思敏

IPC: G01N27/62

Abstract: 本发明提供一种基于HCD与ETD质谱图的肽段从头测序方法及系统，该方法包括：步骤1，将HCD与ETD的质谱图对应起来形成一个新质谱图，对所述新质谱图进行预处理，检测出有效谱峰并删除干扰谱峰；步骤2，根据所述有效谱峰构建有向无环图；步骤3，在所述有向无环图中寻找符合权重规则的路径，并根据所述路径生成候选肽段；步骤4，将所述候选肽段与所述新质谱图进行匹配打分，按照打分结果将所述候选肽段进行排序并输出。本发明弥补了单种碎裂类型引起的谱峰不全的缺点，结合HCD与ETD谱图各自的优点，提高从头测序的准确度。同时在从头测序之前进行预处理，去除大量同位素谱峰与噪音谱峰，避免其对从头测序算法造成干扰。并利用更加有区分度的打分算法，提高了从头测序的性能。

公开(公告)号：CN103810200A

公开(公告)日：2014-05-21

申请号：CN201210451907.0

申请日：2012-11-12

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 迟浩 ,  孙瑞祥 ,  王乐珩 ,  张文力 ,  贺思敏

IPC: G06F17/30

CPC classification number: G06F19/18

Abstract: 本发明有关于一种开放式蛋白质鉴定的数据库搜索方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，输入蛋白质序列，模拟切分每一条蛋白质序列，并将所有生成的子序列按照质量排序，生成肽序列数据表，并根据该肽序列数据表建立索引文件；步骤2，输入质谱图，对每张质谱图，提取谱峰生成查询集合，查询所述索引文件，得到序列集合；步骤3，对每张质谱图及其对应的序列集合，根据修饰组合，生成候选肽段并打分；步骤4，对打分结果进行整合，并进行肽段到蛋白质的推断，得到鉴定结果。本发明允许用户不指定酶切和修饰的类型，或指定其中的任意类型进行蛋白质鉴定，用于解决任意类型的酶切和修饰的鉴定问题。

公开(公告)号：CN102043011A

公开(公告)日：2011-05-04

申请号：CN201010515241.1

申请日：2010-10-20

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 孙瑞祥 ,  董梦秋 ,  宋春青 ,  迟浩 ,  杨兵 ,  王乐珩 ,  付岩 ,  贺思敏

IPC: G01N27/62

Abstract: 本发明提供一种电子转运裂解质谱预处理方法，包括：计算母离子的质荷比和电荷状态；计算母离子峰及其同位素峰在电子转运裂解质谱中可能出现的区域；计算母离子的系列衍生峰在电子转运裂解质谱中可能出现的区域；计算母离子的中性丢失峰在电子转运裂解质谱中可能出现的区域；将所述电子转运裂解质谱中由计算得到的区域中的谱峰去除，以去除未碎裂的母离子峰、母离子的系列衍生峰以及母离子的中性丢失峰。

公开(公告)号：CN101714187A

公开(公告)日：2010-05-26

申请号：CN200810223683.1

申请日：2008-10-07

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 李由 ,  李德泉 ,  王乐珩 ,  迟浩 ,  王海鹏 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏 ,  刘超 ,  袁作飞 ,  王文平 ,  秀丽蕴

IPC: G06F19/00

Abstract: 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列在各个计数窗口内的数量；根据计算机内存的大小得到在计算机内存中一次可处理的肽序列的数量，结合肽序列在各个计数窗口内的数量，得到在计算机内存中一次处理的肽序列的质量范围段；对蛋白质数据库做模拟酶切，将所得到的在一个质量范围段内的肽序列保存在计算机内存中，并在计算机内存中完成对所保存肽序列的排序、去冗余以及建立词典和倒排表的操作；为每个质量范围段建立词典和倒排表。

公开(公告)号：CN100376895C

公开(公告)日：2008-03-26

申请号：CN200410088779.3

申请日：2004-11-03

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 高文 ,  付岩 ,  李德泉 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏 ,  杨强 ,  曾嵘 ,  周虎 ,  陈益强 ,  王晓彪

IPC: G01N33/48 ,  G01N30/72 ,  G01N23/00

Abstract: 本发明公开了一种使用串联质谱数据鉴定肽的方法，包括步骤：将要被鉴定的肽进行实验碎裂以生成实验串联质谱；将数据库中的多个候选肽进行理论碎裂以生成多个理论串联质谱；用径向基函数核分别计算多个理论串联质谱与实验串联质谱的相似度，该径向基函数包括一指数部分；根据所计算的相似度选取出与实验串联质谱最相似的理论串联质谱所对应的肽作为鉴定结果。本发明的使用串联质谱数据鉴定肽的方法采用径向基函数核来评价多个理论串联质谱与实验串联质谱的相似度，并进一步在径向基函数核的指数部分通过对连续碎片离子的求和来强调连续碎片离子的正相关特性，比现有技术中鉴定肽的方法具有更高的准确率，明显降低了假阳性结果。