一种S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的药物口袋及其应用

    公开(公告)号:CN104357545A

    公开(公告)日:2015-02-18

    申请号:CN201410530674.2

    申请日:2014-10-10

    Applicant: 三峡大学

    Inventor: 刘森 廖陈曾

    Abstract: 本发明提供一种S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的药物口袋,其特征在于:以S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(AdoMetDC)的晶体结构为基础,将PDB ID为3DZ5的AdoMetDC晶体结构中的第68位丙酮酰基用PDB ID 1JL0的AdoMetDC晶体结构中的第68位色氨酸残基替代,以替代后的AdoMetDC晶体结构为基础,通过Pocket蛋白质药物口袋分析软件,确定在alpha亚基和beta亚基两条链之间形成的药物口袋为S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的药物口袋,并将该药物口袋应用于AdoMetDC抑制剂的筛选、设计和改造。

    一种小分子抑制剂及在抑制S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶上的应用

    公开(公告)号:CN104324031A

    公开(公告)日:2015-02-04

    申请号:CN201410534410.4

    申请日:2014-10-10

    Applicant: 三峡大学

    CPC classification number: A61K31/4704

    Abstract: 本发明提供一种小分子抑制剂,其结构式为:所述的R1为氢、甲基、乙基、硝基、亚硝基、磺酸基、羧基、氨基或偶氮;R2为氢、甲基、乙基、硝基、亚硝基、磺酸基、羧基、氨基或偶氮;X为氢、氟、氯、溴或碘;该抑制剂还包括含有通式I所示的化学结构的药学上可接受的盐。利用AutoDockVina软件,通过将上述骨架和取代基组成的小分子对接到确定的AdoMetDC口袋中,通过AutoDockVina软件给出的打分进行评价,最低打分低于-7.0的小分子用于实验验证。并将上述小分子抑制剂应用于抑制S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶活性上。

    小分子共价抑制剂在制备抑制S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的药物上的应用及其筛选方法

    公开(公告)号:CN106389415B

    公开(公告)日:2019-02-19

    申请号:CN201610257342.0

    申请日:2016-04-22

    Applicant: 三峡大学

    Abstract: 本发明属于生物医学领域,尤其是涉及小分子共价抑制剂在制备抑制S‑腺苷甲硫氨酸脱羧酶的药物上的应用及其筛选方法。一种小分子共价抑制剂,其结构式为:其中R1可以为甲酸基及其衍生取代基团、氨基及其衍生取代基团,噻吩并R2基团中的R2可以为环己烯及其取代基团、苯基及其取代基团、苯胺或苯甲酰胺或其取代苯基基团、吡咯及其取代基团、吡啶及其取代基团;该抑制剂还包括含有通式I所示的化学结构的药学上可接受的盐。筛选方法为,为将S‑腺苷甲硫氨酸脱羧酶晶体结构中的丙酮酰68残基删除,并在Rosetta软件中优化,得到优化后的蛋白晶体结构;与搜索的小分子结构利用AutoDockVina软件对接计算,对计算结果筛选,得到小分子共价抑制剂。

    一种小分子抑制剂及在抑制S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(AdoMetDC)上的应用

    公开(公告)号:CN104324027B

    公开(公告)日:2016-07-06

    申请号:CN201410534409.1

    申请日:2014-10-10

    Applicant: 三峡大学

    Abstract: 本发明提供一种小分子抑制剂,其结构式为:其中R1为氢、氨基、甲基或乙基;R2为氨基、羧基、甲酰胺基或乙酰胺基;R3为羧基、磺酸基、硝基、亚硝基或偶氮;该抑制剂还包括含有通式I所示的化学结构的药学上可接受的盐。利用AutoDockVina软件,通过将上述骨架和取代基组成的小分子对接到确定的AdoMetDC口袋中,通过AutoDockVina软件给出的打分进行评价,最低打分低于-7.0的小分子用于实验验证。并将上述小分子抑制剂应用于抑制S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶活性上。

    一种S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的药物口袋及其应用

    公开(公告)号:CN104357545B

    公开(公告)日:2016-06-01

    申请号:CN201410530674.2

    申请日:2014-10-10

    Applicant: 三峡大学

    Inventor: 刘森 廖陈曾

    Abstract: 本发明提供一种S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的药物口袋,其特征在于:以S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(AdoMetDC)的晶体结构为基础,将PDB ID为3DZ5的AdoMetDC晶体结构中的第68位丙酮酰基用PDB ID 1JL0的AdoMetDC晶体结构中的第68位色氨酸残基替代,以替代后的AdoMetDC晶体结构为基础,通过Pocket蛋白质药物口袋分析软件,确定在alpha亚基和beta亚基两条链之间形成的药物口袋为S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的药物口袋,并将该药物口袋应用于AdoMetDC抑制剂的筛选、设计和改造。

    肿瘤坏死因子-α转化酶的多肽抑制剂的筛选方法及其应用

    公开(公告)号:CN103940982B

    公开(公告)日:2016-03-16

    申请号:CN201410134532.4

    申请日:2014-04-03

    Applicant: 三峡大学

    Abstract: 一种肿瘤坏死因子-α转化酶的多肽抑制剂的筛选方法及其应用,属于生物医学领域。所述方法先建立合理的TACE与多肽底物的复合物模型,用以指导多肽抑制剂的设计,然后通过检测一系列指标,如结合能力、抑制能力等,筛选出可作为多肽抑制剂的候选多肽;所选出的多肽特异性高,活性强,可进一步用于设计以肿瘤坏死因子-α转化酶为靶标的多肽药物。

    一种S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的活性检测方法及其应用

    公开(公告)号:CN104316682B

    公开(公告)日:2015-12-30

    申请号:CN201410530672.3

    申请日:2014-10-10

    Applicant: 三峡大学

    Abstract: 一种S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶的活性检测方法,括如下步骤:将二氧化碳测定试剂R1混合试剂、R2混合试剂在1.5mL的EP试管进行混合,再添加腺苷甲硫氨酸,最后添加S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(AdoMetDC),得到总体积为1000ul的混合液,启动反应;将上述混合液在37℃的水浴中孵育反应1-30min后,再将该混合液转至200uL/孔的透明96孔板,利用酶标仪等仪器检测体系在340nm波长处的光吸收,对该混合物的反应活性进行检测。该方法操作简单,效果良好,只需要简单的光吸收检测,即可实现。该方法适用于快速进行AdoMetDC活性的检测和抑制剂的筛选与设计。

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