公开(公告)号：CN110033041B

公开(公告)日：2022-05-03

申请号：CN201910296276.1

申请日：2019-04-13

Applicant: 湖南大学

Inventor： 彭绍亮 ,  刘伟 ,  李非 ,  杨亚宁 ,  李肯立 ,  卢新国 ,  张磊 ,  毕夏安

IPC: G06K9/62 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 本发明属于基因表达谱分类领域，公开了一种基于深度学习的基因表达谱距离度量方法，属于深度学习在生物大数据上的挖掘和应用。首先，设计了一种适用于基因特征度量学习的卷积神经网络模型来提取数据的特征，然后运用改进的余弦距离来计算数据之间的距离，最后通过分类算法的分类效果来衡量该方法的优良。该方法能够快速高效地度量出不同的基因表达谱之间的相似度，为后续的基因分类、聚类、差异性表达分析、化合物筛查等研究提供数据。相比较传统的基因富集方法，这种方法显著提高了数据之间的距离度量效果，并且可以有效的减少基因表达谱分析时候的人工干预，避免了常规深度网络易产生的过拟合现象，该方法有较强的可迁移性。

公开(公告)号：CN113421614A

公开(公告)日：2021-09-21

申请号：CN202110773598.8

申请日：2021-07-08

Applicant: 湖南大学

Inventor： 卢新国 ,  袁玥 ,  陈关元 ,  李金鑫

IPC: G16B40/00 ,  G16H50/70 ,  G06K9/62

Abstract: 本发明涉及生物信息学中的数据挖掘领域，具体涉及一种基于张量分解的lncRNA‑疾病相互作用预测方法。其发明内容主要包括：(1)收集已知lncRNA‑疾病相互作用数据，lncRNA、疾病、miRNA之间的成对关联信息，lncRNA语义信息和功能交互数据，疾病相似性数据；(2)进行相似性分析，构建疾病网络和lncRNA网络；(3)将lncRNA、疾病、miRNA之间的成对关联整合成一个三维关联张量；(4)将lncRNA相似性矩阵和疾病相似性矩阵作为辅助信息与关联张量进行张量分解分别得到lncRNA、疾病和miRNA的因子矩阵；(5)利用因子矩阵重构关联张量，进而得到新的预测关联张量。本发明提供了一种基于张量分解预测lncRNA和疾病关联的方法，方法可行且有效，对于研究疾病病因和实现精准医疗具有重要意义。

公开(公告)号：CN110782948A

公开(公告)日：2020-02-11

申请号：CN201910997340.9

申请日：2019-10-18

Applicant: 湖南大学

Inventor： 卢新国 ,  陈关元 ,  朱正浩 ,  李金鑫 ,  丁莉

IPC: G16B30/10 ,  G16B40/00 ,  G16H70/60

Abstract: 本发明涉及及生物信息学中的数据挖掘，特别是涉及对疾病生物信息学数据和miRNA基因数据的挖掘。具体涉及通过对miRNA和疾病生物信息的数据挖掘预测miRNA与疾病的潜在关联。本发明的方法包括对miRNA和疾病关联数据的处理；对疾病相似性的分析；对miRNA相似性的分析；学习基于领域的miRNA与疾病的关联；对疾病相关miRNA的约束概率矩阵分解；对miRNA与疾病潜在关联的预测。本发明可用于预测miRNA与疾病的潜在关联，检测出与疾病相关联的潜在miRNA。

公开(公告)号：CN110782947A

公开(公告)日：2020-02-11

申请号：CN201910991325.3

申请日：2019-10-18

Applicant: 湖南大学

Inventor： 卢新国 ,  袁玥 ,  王新宇 ,  丁莉 ,  高妍

IPC: G16B30/10 ,  G16B40/00 ,  G16H70/60

Abstract: 癌症驱动因素的识别是解释癌症发生机制和实现精准医疗的关键挑战。根据单个突变位点或整个基因来识别癌症驱动因素的方法有很多。但是它们忽略了大量中等大小的功能元素。假设在蛋白质序列的不同区域发生的突变对癌症的进展有不同的影响。在此，我们开发了一种基于贝叶斯概率和多元线性回归模型的新的功能驱动区域(frDriver)识别方法，来识别能够调控基因表达水平和具有高功能影响潜力的蛋白区域。结合基因表达数据和体细胞突变数据，结合功能影响评分(SIFT,PROVEAN)作为先验知识，我们确定了预测基因表达水平最准确的癌症驱动区域。我们评估了frDriver在TCGA的BRCA和GBM数据集上的性能。结果表明，frDriver识别出已知的癌症驱动因素，并优于其他三种最先进的方法(eDriver、ActiveDriver和OncodriveCLUST)。

公开(公告)号：CN110084626A

公开(公告)日：2019-08-02

申请号：CN201910381347.8

申请日：2019-05-08

Applicant: 湖南大学

Inventor： 彭绍亮 ,  胡星 ,  李肯立 ,  龙承念 ,  骆嘉伟 ,  蒋洪波 ,  王树林 ,  卢新国 ,  张磊 ,  杨佳敏

IPC: G06Q30/00 ,  G06F16/22 ,  G06F16/2455 ,  G06F16/2458 ,  G06F21/62 ,  G06F21/60 ,  G06F21/64

Abstract: 本发明属于计算机科学领域，公开了一种基于区块链的疫苗生产监管方法，通过对疫苗生产过程中的数据采集，将疫苗生产的培养、收获、超滤、灭活、纯化过程以及相应的无菌检查、病毒滴定实验、灭活验证实验、原液检定的相关参数和结果保存，同时以区块链交易的形式保存对应信息的哈希结果并发送到监管机构。在完成疫苗生产，申请批签发时将本批次疫苗的各交易信息打包为一个区块，并写入生产企业信息后发送给监管机构，监管机构完成疫苗检定同时检查保存的疫苗生产信息，并比对生产信息哈希结果与区块内各交易的哈希信息，检查无误后将区块广播写入链内，本发明实现了对疫苗生产过程的监管并保护了生产企业的商业隐私，具有十分重要的推广应用价值。