公开(公告)号：CN118447928A

公开(公告)日：2024-08-06

申请号：CN202410678242.X

申请日：2024-05-29

Applicant: 福建农林大学

Inventor： 刘若愚 ,  陈盛圳 ,  陈新华 ,  郑平 ,  孟子钰

IPC: G16B40/00 ,  G16B5/00 ,  G06N3/0455 ,  G06N3/096

Abstract: 本发明公开一种基于迁移学习的抗冻蛋白分型预测方法，属于生物信息技术领域。本发明方法包括：收集已经过结构域注释的抗冻蛋白和非抗冻蛋白序列作为正负数据集；采取过采样和欠采样方法进行数据平衡；选择ProteinBert模型对抗冻蛋白序列数据集进行训练，使抗冻蛋白序列与结构域标签之间形成对应关系，以构建BERT‑DomainAFP模型；将待鉴定蛋白序列数据输入BERT‑DomainAFP模型中进行预测，得到对应的结构域预测值；设定目标数据标签，若BERT‑DomainAFP模型输出的结构域预测值与目标数据标签相同，则判定待鉴定的蛋白序列中存在抗冻蛋白序列结构域。本发明的模型特征提取能力强，能够自动从蛋白质序列中提取出复杂的特征信息，对抗冻蛋白预测的准确率高、特异性好、灵敏度高、预测精度高。

公开(公告)号：CN119242828A

公开(公告)日：2025-01-03

申请号：CN202411414959.X

申请日：2024-10-11

Applicant: 福建农林大学

Inventor： 陈新华 ,  刘若愚 ,  翟宇 ,  孟子钰 ,  黄晞越

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/686 ,  C12N15/11 ,  C12R1/38

Abstract: 本发明公开一种基于变形假单胞菌菌株oprL基因检测致病性变形假单胞菌的引物、试剂盒、方法及应用，属于微生物检测技术领域。本发明提供一种基于变形假单胞菌菌株oprL基因检测致病性变形假单胞菌的特异性引物，根据多序列比对后找出的差异规律进行设计，即对NCBI数据库中所有变形假单胞菌oprL基因多序列比对整理后的结果，设计oprL基因的PCR扩增引物，引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示，通过PCR扩增变形假单胞菌的oprL基因，再对PCR扩增产物进行电泳，根据电泳图成像情况即可有效区分出变形假单胞菌是否具有致病性，可实现对感染大黄鱼的变形假单胞菌的快速检测，引物特异性好，检测方法简便直观。