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公开(公告)号：CN109979534B
公开(公告)日：2021-07-09
申请号：CN201811621918.2
申请日：2018-12-28
申请人： 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号： G16B30/00
摘要： 本发明涉及一种C位点提取方法及装置。该装置包括：数据过滤模块：用于对待测样本进行高通量测序并对测序数据进行过滤；数据比对模块：用于将所述经过过滤的测序数据进行碱基替换，比对到经过碱基替换的参考基因组上，并确定用于后续分析的Reads；C位点统计模块：用于将数据比对模块确定用于后续分析的Reads按照染色体进行拆分和排序以进行C位点统计；C位点提取结果输出模块：用于输出C位点统计结果。
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公开(公告)号：CN106591955A
公开(公告)日：2017-04-26
申请号：CN201510680615.8
申请日：2015-10-19
申请人： 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要： 本发明提供一种构建高分辨率、大信息量单细胞Hi‑C文库的方法。该方法起始样本量少、分辨率高、信息量大、且操作简便。本发明的构建Hi‑C文库的方法包括下述步骤：获得少量的被固定化的染色质；对所述步骤B中获得的被固定化的染色质进行消化，得到被固定化的染色质片段；将所述步骤C中得到的被固定化的染色质片段直接进行重新连接，得到重新连接的被固定化的染色质片段；使所述步骤D中得到的重新连接的被固定化的染色质片段解除固定化，释放DNA片段；对所述步骤E中释放的DNA片段进行扩增，得到扩增产物；以及，以所述扩增产物作为待测序DNA片段，构建测序用DNA文库。
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公开(公告)号：CN106591285A
公开(公告)日：2017-04-26
申请号：CN201510679985.X
申请日：2015-10-19
申请人： 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要： 本发明提供一种构建高可利用数据率的Hi‑C文库的方法。本发明的构建Hi‑C文库的方法包括用大于1重量％的甲醛溶液处理细胞、得到染色质被固定化的细胞的步骤；以及用0.01～1M NaOH溶液清洗固定有生物素标记的DNA片段的链霉亲和素化固体载体的步骤。根据本发明，仅通过在传统的构建Hi‑C文库的方法的基础上进行巧妙的改进，即可显著提高所构建的Hi‑C文库的可利用数据率。
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公开(公告)号：CN109979534A
公开(公告)日：2019-07-05
申请号：CN201811621918.2
申请日：2018-12-28
申请人： 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号： G16B30/00
摘要： 本发明涉及一种C位点提取方法及装置。该装置包括：数据过滤模块：用于对待测样本进行高通量测序并对测序数据进行过滤；数据比对模块：用于将所述经过过滤的测序数据进行碱基替换，比对到经过碱基替换的参考基因组上，并确定用于后续分析的Reads；C位点统计模块：用于将数据比对模块确定用于后续分析的Reads按照染色体进行拆分和排序以进行C位点统计；C位点提取结果输出模块：用于输出C位点统计结果。
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公开(公告)号：CN105506084B
公开(公告)日：2019-02-15
申请号：CN201511001306.X
申请日：2015-12-28
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12N15/10 , C40B50/06
摘要： 本发明提供一种快速高效地检测基因组DNA羟甲基化的方法及试剂盒。该方法包括：用限制性内切酶MspI酶切基因组DNA，得到酶切片段；在所述酶切片段的两端分别连接P5接头和P7接头，得到加接头的酶切片段；对所述加接头的酶切片段进行糖基化处理，使其中的羟甲基化碱基转化为糖基羟甲基化碱基，得到包含糖基羟甲基化碱基的酶切片段；将所述包含糖基羟甲基化碱基的酶切片段再次用限制性内切酶MspI酶切，得到二次酶切产物；对所述二次酶切产物进行PCR扩增，得到测序用DNA文库；以及，对所述测序用DNA文库进行二代测序。与传统的RRHP方法相比，该方法无需使用包含双脱氧核糖核苷酸的接头。
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公开(公告)号：CN105349528A
公开(公告)日：2016-02-24
申请号：CN201510857413.6
申请日：2015-11-30
申请人： 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要： 本发明提供一种用于全基因组甲基化重亚硫酸氢盐测序的文库构建方法，其适用于中量级别(5～200ng)的起始样本量。该文库构建方法包括从5～200ng的基因组DNA得到片段化的基因组DNA；对上述片段化的基因组DNA进行重亚硫酸氢盐处理，得到单链的重亚硫酸氢盐处理产物；以上述单链的重亚硫酸氢盐处理产物为模板，使用含生物素标记的oligo1引物合成第一条链；使用核酸外切酶消化第一条链合成后体系中的单链DNA；使用链亲和素磁珠调取生物素标记的第一条链；以上述生物素标记的第一条链为模板，使用oligo2引物合成第二条链；以及，以所述第二条链作为模板进行PCR扩增，从而构建二代测序用DNA文库。
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公开(公告)号：CN106591285B
公开(公告)日：2019-11-29
申请号：CN201510679985.X
申请日：2015-10-19
IPC分类号： C12N15/10 , C12Q1/6869 , C40B50/06
摘要： 本发明提供一种构建高可利用数据率的Hi‑C文库的方法。本发明的构建Hi‑C文库的方法包括用大于1重量％的甲醛溶液处理细胞、得到染色质被固定化的细胞的步骤；以及用0.01～1M NaOH溶液清洗固定有生物素标记的DNA片段的链霉亲和素化固体载体的步骤。根据本发明，仅通过在传统的构建Hi‑C文库的方法的基础上进行巧妙的改进，即可显著提高所构建的Hi‑C文库的可利用数据率。
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公开(公告)号：CN106591954B
公开(公告)日：2019-10-29
申请号：CN201510680614.3
申请日：2015-10-19
IPC分类号： C40B50/06 , C12Q1/6869 , G16B30/10
摘要： 本发明提供一种简便、快速、低成本的Hi‑C文库构建方法。本发明Hi‑C文库构建方法不使用生物素标记及链霉亲和素磁珠，相比于传统方法，节约成本、操作简便、耗时少。
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公开(公告)号：CN105349528B
公开(公告)日：2019-06-28
申请号：CN201510857413.6
申请日：2015-11-30
IPC分类号： C12N15/10 , C12Q1/6806 , C40B50/06
摘要： 本发明提供一种用于全基因组甲基化重亚硫酸氢盐测序的文库构建方法，其适用于中量级别(5～200ng)的起始样本量。该文库构建方法包括从5～200ng的基因组DNA得到片段化的基因组DNA；对上述片段化的基因组DNA进行重亚硫酸氢盐处理，得到单链的重亚硫酸氢盐处理产物；以上述单链的重亚硫酸氢盐处理产物为模板，使用含生物素标记的oligo1引物合成第一条链；使用核酸外切酶消化第一条链合成后体系中的单链DNA；使用链亲和素磁珠调取生物素标记的第一条链；以上述生物素标记的第一条链为模板，使用oligo2引物合成第二条链；以及，以所述第二条链作为模板进行PCR扩增，从而构建二代测序用DNA文库。
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