公开(公告)号：CN101714187A

公开(公告)日：2010-05-26

申请号：CN200810223683.1

申请日：2008-10-07

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 李由 ,  李德泉 ,  王乐珩 ,  迟浩 ,  王海鹏 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏 ,  刘超 ,  袁作飞 ,  王文平 ,  秀丽蕴

IPC: G06F19/00

Abstract: 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列在各个计数窗口内的数量；根据计算机内存的大小得到在计算机内存中一次可处理的肽序列的数量，结合肽序列在各个计数窗口内的数量，得到在计算机内存中一次处理的肽序列的质量范围段；对蛋白质数据库做模拟酶切，将所得到的在一个质量范围段内的肽序列保存在计算机内存中，并在计算机内存中完成对所保存肽序列的排序、去冗余以及建立词典和倒排表的操作；为每个质量范围段建立词典和倒排表。

公开(公告)号：CN101714187B

公开(公告)日：2011-09-28

申请号：CN200810223683.1

申请日：2008-10-07

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 李由 ,  李德泉 ,  王乐珩 ,  迟浩 ,  王海鹏 ,  付岩 ,  孙瑞祥 ,  贺思敏 ,  刘超 ,  袁作飞 ,  王文平 ,  秀丽蕴

IPC: G06F19/18

Abstract: 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列在各个计数窗口内的数量；根据计算机内存的大小得到在计算机内存中一次可处理的肽序列的数量，结合肽序列在各个计数窗口内的数量，得到在计算机内存中一次处理的肽序列的质量范围段；对蛋白质数据库做模拟酶切，将所得到的在一个质量范围段内的肽序列保存在计算机内存中，并在计算机内存中完成对所保存肽序列的排序、去冗余以及建立词典和倒排表的操作；为每个质量范围段建立词典和倒排表。