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公开(公告)号：CN114990201B
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202210639547.0
申请日：2022-06-08
Applicant: 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC: C12Q1/6851 , C12Q1/689 , C12Q1/6888 , G16B20/40 , G16B20/10 , G16B20/20 , G16B25/20 , G16B30/10 , G16B30/20
Abstract: 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。
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公开(公告)号：CN119446288A
公开(公告)日：2025-02-14
申请号：CN202411467387.1
申请日：2024-10-21
Applicant: 东北林业大学
Abstract: 一种基于粪便DNA计算年龄的模型及构建方法，属于生物信息学技术领域。本发明通过以粪便为材料解决了现有技术中所需材料不宜获的问题，并且本发明首次公开了一种mtDNA异质性位获得的方法，可以更精准捕捉目标mtDNA异质性位点。基于目标mtDNA异质性位点和机器学习构建了一套筛选与年龄相关的检测位点的方法学流程，并构建了一种基于粪便DNA中的mtDNA异质性位点计算年龄的模型，该模型主要应用于计算大型动物或野生动物年龄，该模型解决了现有技术中成本较高的问题。
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公开(公告)号：CN114990201A
公开(公告)日：2022-09-02
申请号：CN202210639547.0
申请日：2022-06-08
Applicant: 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC: C12Q1/6851 , C12Q1/689 , C12Q1/6888 , G16B20/40 , G16B20/10 , G16B20/20 , G16B25/20 , G16B30/10 , G16B30/20
Abstract: 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。
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公开(公告)号：CN119082102A
公开(公告)日：2024-12-06
申请号：CN202411437636.2
申请日：2024-10-15
Applicant: 东北林业大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 一种降低角化DNA提取物中外源DNA污染的方法，属于分子生物学技术领域。本发明为解决现有技术中角化组织DNA提取过程中分型位点的丢失、稳定性低、出现错误结果的现象，提供了一种有效降低角化DNA提取物中外源DNA污染的方法，所述方法可针对于不同类型的角化组织采用常规清洗DetW、酶解处理EnzW和碱除处理AlkW同的处理方案。本发明提供的降低角化DNA提取物中外源DNA污染的方法，有效降低了细菌DNA的比例，保证了内源性DNA的富集效率；适合所有类型的角化组织，提高了多种角化组织的可应用性，具有成本低廉，操作简单的优点。
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