一种多层包埋结构的益生菌晶球，包括菌株核心层，所述菌株核心层外包覆有耐胆汁保护层，所述耐胆汁保护层外包覆有耐胃酸保护层，益生菌晶球最外层的耐胃酸保护层为胃酸难降解的生物大分子聚合物，保护益生菌晶球在胃液低pH的情况下依然能顺利通过胃部而不失活，益生菌晶球进入较高pH值十二指肠时，最外层崩解溶化，耐胆汁保护层暴露，由于耐胆汁保护层中含有抗胆汁的脂类物质，所以益生菌的活性在空肠的初期不被胆汁灭活，随着消化酶作用的进行，耐胆汁保护层开始崩解，促进益生菌在肠壁绒毛上附着，失去所有包膜的益生菌在各自适宜和营养丰富的肠道中，最终定植下来并开始了大量繁殖，大大提高了益生菌进入人体内产生作用时的活性。