本发明涉及材料领域，特别涉及微焦点CT原位标记装置及方法。所述方法包括可装载微型复合材料样品的微焦点CT样品台、样品局部位置标记杆及其固定方法。所述可装载微型复合材料的微焦点CT样品台，CT样品台内含有两个独立圆柱体镂空空间及一个长方体开口。该方法对微型复合材料进行某一位置标记，从而实现分析微型复合材料同一位置经高温水氧环境处理前后进行微焦点CT扫描和分析，从而更准确、更有针对性地研究高温水氧处理对微型复合材料内部结构的影响及其缺陷的变化。