本发明提供了一种二分之三接线方式下主变高压侧断路器非全相保护方法，与主变压器高压侧所连的中断路器或边断路器的三相触点位置不一致时，断路器三相不一致接点输入置1；以变压器为单元配置非全相负序、零序电流保护判据；记录主变高压侧电压与母线电压，作差并计算主变高压侧电压与母线电压的正序、负序电压差有效值。利用正序电压差作为保护起动判据，同时补充提出以负序电压差为动作量、以正序电压差为制动量的比率判据，与起动判据作“与”逻辑构成非全相电压量保护；将非全相负序、零序电流保护与非全相电压量保护作“或”逻辑出口；当非全相保护的开关量和电气量均置1时，则主变高压侧断路器非全相保护动作，并延时跳断路器和启动失灵保护。