本发明公开了一种具有灰尘补偿功能的种子计数传感器及其控制方法。该传感器包括安装在播种施肥系统主架上的主控模块和信号处理模块、安装在拖拉机驾驶室上的上位机显示模块、分别安装在导种管两侧的发射模块和接收模块；光学检测模块包括一组发射模块和与发射模块一一对应的一组接收模块，发射模块通过光学掩膜进行包裹；信号处理模块用于根据接收模块发送的光强信号对信号进行处理；主控模块工作模式主要分为播种模式和未播种模式，当处于播种模式时用于对导种数量进行计数分析；当处于未播种模式时用于对发射模块进行灰尘补偿；本发明能够在灰尘和颗粒物较多的环境中有效解决因光学部件污染导致的种子计数传感器灵敏度下降问题。