本发明公开一种基于RPA‑PfAgo的贾第虫可视化检测系统及其应用，通过优化反应体系和反应条件，提高了RPA‑PfAgo扩增的效率、灵敏度和特异性；与CRISPR/Cas9系统相比，整个操作过程更加简单，PfAgo和gDNA的合成成本更低，且稳定性更好，易于储存和运输，更加适用于现场检测；整个反应仅需39℃的RPA扩增和95℃的PfAgo切割反应，通过水浴或金属浴即可完成，不需要专业的温控设备，根据使用的探针可以通过蓝光激发直接观察样本中是否存在贾第虫，极大的减少了所需的时间和设备成本，操作方法简单，对人员专业性要求不高，更加适合现场的诊断。